Тк 125 статья: ТК РФ Статья 125. Разделение ежегодного оплачиваемого отпуска на части. Отзыв из отпуска / КонсультантПлюс

Содержание

Статья 125 ТК РФ. Разделение ежегодного оплачиваемого отпуска на части. Отзыв из отпуска (действующая редакция)

Статья 125 ТК РФ. Разделение ежегодного оплачиваемого отпуска на части. Отзыв из отпуска

Актуально на:

14 марта 2022 г.

Трудовой кодекс, N 197-ФЗ | ст. 125 ТК РФ

По соглашению между работником и работодателем ежегодный оплачиваемый отпуск может быть разделен на части. При этом хотя бы одна из частей этого отпуска должна быть не менее 14 календарных дней.

Отзыв работника из отпуска допускается только с его согласия. Неиспользованная в связи с этим часть отпуска должна быть предоставлена по выбору работника в удобное для него время в течение текущего рабочего года или присоединена к отпуску за следующий рабочий год.

Не допускается отзыв из отпуска работников в возрасте до восемнадцати лет, беременных женщин и работников, занятых на работах с вредными и (или) опасными условиями труда.

Постоянная ссылка на документ

  • URL
  • HTML
  • BB-код
  • Текст

URL документа [скопировать]

<a href=»»></a>

HTML-код ссылки для вставки на страницу сайта [скопировать]

[url=][/url]

BB-код ссылки для форумов и блогов [скопировать]

в виде обычного текста для соцсетей и пр. [скопировать]

Скачать документ в формате

Судебная практика по статье 125 ТК РФ:

  • Решение Верховного суда: Определение N 301-КГ15-5751, Судебная коллегия по экономическим спорам, кассация

    При указанных обстоятельствах суды, руководствуясь положениями статей 93, 106, 107, 114, 122, 123, 124, 125, 136, 260 Трудового кодекса Российской Федерации, статьей 11.1 Федерального закона от 29.12.2006 № 255-ФЗ «Об обязательном социальном страховании на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством», а так же разъяснениями изложенными в пункте 20 постановления пленума Верховного Суда Российской Федерации от 28. 01.2014 № 1 «О применении законодательства регулирующего труд женщин, лиц с семейными обязанностями и несовершеннолетних», пришли к выводу…

Изменения документа

Постоянная ссылка на документ

  • URL
  • HTML
  • BB-код
  • Текст

URL документа [скопировать]

<a href=»»></a>

HTML-код ссылки для вставки на страницу сайта [скопировать]

[url=][/url]

BB-код ссылки для форумов и блогов [скопировать]

в виде обычного текста для соцсетей и пр. [скопировать]

Скачать документ в формате

Составить подборку

Анализ текста

Идет загрузка…

ст. 125 Трудового Кодекса РФ в текущей редакции и комментарии к ней

По соглашению между работником и работодателем ежегодный оплачиваемый отпуск может быть разделен на части. При этом хотя бы одна из частей этого отпуска должна быть не менее 14 календарных дней.

Отзыв работника из отпуска допускается только с его согласия. Неиспользованная в связи с этим часть отпуска должна быть предоставлена по выбору работника в удобное для него время в течение текущего рабочего года или присоединена к отпуску за следующий рабочий год.
Не допускается отзыв из отпуска работников в возрасте до восемнадцати лет, беременных женщин и работников, занятых на работах с вредными и (или) опасными условиями труда.

Комментарий к статье 125 ТК РФ

1. Ежегодный оплачиваемый отпуск может быть разделен на части по соглашению между работником и работодателем. Инициатива разделения отпуска обычно исходит от работника, но согласие работодателя необходимо. Вопрос об использовании отпуска по частям может решаться как при составлении графика ежегодных отпусков на календарный год, так и непосредственно при предоставлении работнику ежегодного оплачиваемого отпуска.

Закон не устанавливает, на сколько частей можно делить отпуск. В принципе по соглашению сторон его можно разделить на несколько частей, но при этом хотя бы одна часть этого отпуска должна быть не менее 14 календарных дней. Иными словами, на части можно разделить ту часть отпуска, которая превышает 14 календарных дней.

В основу такого правила положены требования международных норм о труде, в частности Конвенции МОТ N 132 «Об оплачиваемых отпусках» (1970), ратифицированной нашим государством Федеральным законом от 01.07. 2010 N 139-ФЗ. В соответствии со ст. 8 указанной Конвенции разбивка ежегодного оплачиваемого отпуска на части может быть разрешена компетентным органом власти или другим соответствующим органом в каждой стране. Если иное не предусмотрено в соглашении, связывающем работодателя и работника, то при условии, что продолжительность работы дает работнику такое право, одна из частей отпуска должна составлять по меньшей мере две непрерывные рабочие недели.

Предоставляя отпуск работнику по частям, работодатель вместе с тем должен иметь в виду, что чрезмерное дробление отпуска нецелесообразно, т.к. за короткий срок работник не сможет полноценно отдохнуть и восстановить силы.

2. Часть 2 ст. 125 предусматривает возможность отзыва работника из отпуска и устанавливает для этого соответствующие правила.

В соответствии с ч. 2 комментируемой статьи работодатель может отозвать работника из отпуска, если это необходимо по тем или иным производственным нуждам, но только с его согласия. Закон не оговаривает форму такого согласия. Однако в целях предотвращения возможных недоразумений целесообразно получить письменное согласие работника на отзыв из отпуска.

В свою очередь, работник вправе отказаться выходить на работу до окончания срока отпуска, и такой отказ не является нарушением трудовой дисциплины. На это обстоятельство специально обращено внимание Постановления Пленума ВС РФ от 17.03.2004 N 2, который указал: учитывая, что законом предусмотрено право работодателя досрочно отозвать работника из отпуска только с его согласия, отказ работника (независимо от причины) выполнить распоряжение работодателя о выходе на работу до окончания отпуска нельзя рассматривать как нарушение трудовой дисциплины (п. 37).

Отзыв из отпуска оформляется приказом (распоряжением) работодателя, в котором по договоренности сторон указывается, когда работнику будет предоставлена неиспользованная часть отпуска. По выбору работника она должна быть предоставлена в удобное для него время в текущем рабочем году или присоединена к отпуску за следующий рабочий год.

3. Не могут быть отозваны из ежегодного отпуска работники в возрасте до 18 лет, беременные женщины и работники, занятые на работах с вредными и (или) опасными условиями труда, если даже они дают на это свое согласие.

Другой комментарий к статье 125 ТК РФ

§ 1. Статьей 8 Конвенции МОТ N 132 (пересмотренной в 1970 г.) предусмотрено, что разбивка ежегодного оплачиваемого отпуска на части может быть разрешена компетентным органом власти или другим соответствующим органом в каждой стране. Одна из таких частей отпуска должна состоять по крайней мере из двух непрерывных рабочих недель.

В полном соответствии с Конвенцией МОТ N 132 сформулирована ч. 1 ст. 125 ТК.

§ 2. В ч. 1 ст. 125 предусмотрена возможность разделения ежегодного оплачиваемого отпуска по соглашению между работником и работодателем.

По сути такой же порядок предусмотрен для деления ежегодных оплачиваемых отпусков, предоставляемых прокурорам, следователям, научным и педагогическим работникам системы прокуратуры РФ. Деление отпуска на части производится по заявлению названных работников с согласия администрации (см. Федеральный закон «О прокуратуре Российской Федерации» в редакции от 17 ноября 1995 г., с изменениями и дополнениями // СЗ РФ. 1995. N 47. Ст. 4472; 1999. N 7. Ст. 878).

В несколько ином порядке по желанию работников угольной, сланцевой, горнорудной промышленности и отдельных базовых отраслей народного хозяйства возможно деление предоставляемых им ежегодных оплачиваемых отпусков на части. Причем продолжительность одной из них не должна быть менее двух недель (см. Постановление Правительства РФ от 2 июля 1990 г. N 647 «Об увеличении продолжительности отпусков работникам угольной, сланцевой, горнорудной промышленности и отдельных базовых отраслей народного хозяйства» // СЗ РФ. 1990. N 16. Ст. 85).

§ 3. Кодекс не определяет количества частей, на которые может быть разделен отпуск. Важно, чтобы одна из них была не менее 14 календарных дней.

Кодекс не решает и вопрос о том, как соотнести использование отпуска по частям с обязательностью определения времени предоставления отпусков соответствующим графиком. Если каждый раз изменять график для предоставления возможности использования отпуска по частям, то этот локальный нормативный акт перестает определять сроки предоставления отпусков в течение всего года.

Кроме того, изменения в график должны вноситься в том же порядке, в каком он утверждается, — с учетом мнения представительного органа работников (см. ч. 1 ст. 123 ТК).

Предоставление отпуска по частям на основе индивидуального соглашения работника и работодателя может негативно повлиять на график отпусков, его юридическую силу в отношении тех работников, которые изъявили желание по согласованию с работодателем использовать отпуск по частям.

Практика решает этот вопрос по-разному. В одних организациях в случаях деления отпуска на части вносятся изменения в график отпусков, в других — нет. Естественно, что всегда следует вести строгий учет предоставленных и использованных работником дней отпуска.

Как выход из этой непростой ситуации видится создание графика сроков основной части отпуска и дополнительного графика использования отпусков по частям, если это заранее известно.

§ 4. Защищая право работника на длительный непрерывный отдых, Кодекс (ч. 2 ст. 125) допускает возможность отзыва его из ежегодного оплачиваемого отпуска только с его согласия. При этом работник не лишается неиспользованной части отпуска. Она должна быть предоставлена работнику по его выбору в удобное для него время в течение текущего рабочего года или присоединена к отпуску за следующий рабочий год.

§ 5. Отзыв работника из отпуска определяется письменным приказом (распоряжением) работодателя, на котором (или отдельно) письменно выражается согласие работника. Тем же приказом (распоряжением) на основании письменного заявления работника решается вопрос о времени, на которое переносится неиспользованная часть отпуска.

§ 6. Отказ работника от выхода на работу в связи с отзывом его из отпуска не является нарушением трудовой дисциплины и не может повлечь применение к нему мер дисциплинарного взыскания.

Пленум Верховного Суда РФ в Постановлении от 17 марта 2004 г. N 2 «О применении судами Российской Федерации Трудового кодекса Российской Федерации» разъяснил, что, поскольку законом предусмотрено право работодателя досрочно отозвать работника из отпуска на работу только с его согласия (ч. 2 ст. 125 ТК), отказ работника (независимо от причины) от выполнения распоряжения работодателя о выходе на работу до окончания отпуска нельзя рассматривать как нарушение трудовой дисциплины (см. п. 37).

§ 7. Отзыв из отпуска влечет за собой перерасчет заработной платы. Обычно заработная плата за период неиспользованного отпуска засчитывается в счет заработной платы, которую работник должен получить, выйдя на работу. При получении работником неиспользованной части отпуска расчет оплаты этого периода производится заново.

§ 8. Следует обратить внимание на то, что Кодекс (ч. 3 ст. 125) не допускает отзыва из отпуска ряда категорий работников.

Статья 125 ТК РФ 2016-2019. Разделение ежегодного оплачиваемого отпуска на части. Отзыв из отпуска. ЮрИнспекция

Почитайте, пожалуйста выдержки их Трудового кодекса… .Глава 19. ОТПУСКАСтатья 125. Разделение ежегодного оплачиваемого отпуска на части. Отзыв из отпуска По соглашению между работником и работодателем ежегодный оплачиваемый отпуск может быть разделен на части. При этом хотя бы одна из частей этого отпуска должна быть не менее 14 календарных дней.Отзыв работника из отпуска допускается только с его согласия. Неиспользованная в связи с этим часть отпуска должна быть предоставлена по выбору работника в удобное для него время в течение текущего рабочего года или присоединена к отпуску за следующий рабочий год.Не допускается отзыв из отпуска работников в возрасте до восемнадцати лет, беременных женщин и работников, занятых на работах с вредными и (или) опасными условиями труда.Статья 126. Замена ежегодного оплачиваемого отпуска денежной компенсацией Часть ежегодного оплачиваемого отпуска, превышающая 28 календарных дней, по письменному заявлению работника может быть заменена денежной компенсацией.При суммировании ежегодных оплачиваемых отпусков или перенесении ежегодного оплачиваемого отпуска на следующий рабочий год денежной компенсацией могут быть заменены часть каждого ежегодного оплачиваемого отпуска, превышающая 28 календарных дней, или любое количество дней из этой части. Не допускается замена денежной компенсацией ежегодного основного оплачиваемого отпуска и ежегодных дополнительных оплачиваемых отпусков беременным женщинам и работникам в возрасте до восемнадцати лет, а также ежегодного дополнительного оплачиваемого отпуска работникам, занятым на работах с вредными и (или) опасными условиями труда, за работу в соответствующих условиях (за исключением выплаты денежной компенсации за неиспользованный отпуск при увольнении) .Статья 127. Реализация права на отпуск при увольнении работника При увольнении работнику выплачивается денежная компенсация за все неиспользованные отпуска.По письменному заявлению работника неиспользованные отпуска могут быть предоставлены ему с последующим увольнением (за исключением случаев увольнения за виновные действия) . При этом днем увольнения считается последний день отпуска.При увольнении в связи с истечением срока трудового договора отпуск с последующим увольнением может предоставляться и тогда, когда время отпуска полностью или частично выходит за пределы срока этого договора. В этом случае днем увольнения также считается последний день отпуска.При предоставлении отпуска с последующим увольнением при расторжении трудового договора по инициативе работника этот работник имеет право отозвать свое заявление об увольнении до дня начала отпуска, если на его место не приглашен в порядке перевода другой работник.

Внесены поправки в Трудовой Кодекс РФ о ежегодном отпуске многодетных работников

Федеральным законом от 9 марта 2021 г. № 34-ФЗ внесены поправки в статью 262.2 ТК РФ, устанавливающую право многодетных работников на использование ежегодного оплачиваемого отпуска в удобное время. Если раньше для получения такой гарантии необходимо было иметь трех и более детей в возрасте до 12 лет, то теперь она полагается лицам, имеющим трех и более детей в возрасте до 18 лет до достижения младшим из детей возраста 14 лет.

Закон вступит в силу 20 марта 2021 года.

Таким образом, указанная гарантия будет предоставляться при одновременном соблюдении двух условий:

При этом следует учитывать, что правом на использование отпуска в удобное время работник может воспользоваться только тогда, когда он имеет право на отпуск. Если такого права многодетный родитель еще не приобрел, то и требовать предоставления отпуска в удобное для него время не может. Например, работодатель не обязан удовлетворять просьбу о предоставления отпуска, поступившую от многодетного родителя, если к тому моменту он еще не отработал у данного работодателя 6 месяцев (письмо Минтруда России от 20.11.2018 № 14-2/ООГ-9211).

Нет у такого работника и права требовать предоставления отпуска за тот рабочий год, который еще не начался, поскольку закон не предполагает возможности использования отпуска до начала рабочего года, за который он предоставляется.

Право на использование отпуска в удобное время не означает права на разделение отпуска на части по желанию работника. Такое разделение в соответствии со ст. 125 ТК РФ возможно только по соглашению сторон. При этом одна из частей отпуска должна быть не менее 14 календарных дней. Отметим, что несмотря на наличие у многодетных работников права на использование отпуска в удобное время, работодателю необходимо включать их в график отпусков, учтя их мнение относительно времени его использования.

Никаких дополнительных гарантий в части продолжительности ежегодного отпуска трудовое законодательство РФ для многодетных родителей не предусматривает.

Категории работников, которым ежегодный оплачиваемый отпуск предоставляется в удобное для них время:

ГКУ КК «Центр занятости населения Каневского района»

ст. 125 ТК РФ с комментариями 2018

Полный текст ст. 125 ТК РФ с комментариями. Новая действующая редакция с дополнениями на 2021 год. Консультации юристов по статье 125 ТК РФ.

По соглашению между работником и работодателем ежегодный оплачиваемый отпуск может быть разделен на части. При этом хотя бы одна из частей этого отпуска должна быть не менее 14 календарных дней.
Отзыв работника из отпуска допускается только с его согласия. Неиспользованная в связи с этим часть отпуска должна быть предоставлена по выбору работника в удобное для него время в течение текущего рабочего года или присоединена к отпуску за следующий рабочий год.
Не допускается отзыв из отпуска работников в возрасте до восемнадцати лет, беременных женщин и работников, занятых на работах с вредными и (или) опасными условиями труда.

Комментарий к статье 125 ТК РФ

Комментируемая статья определяет порядок разделения отпуска на части.

Ежегодный оплачиваемый отпуск может быть разделен на части. Основанием разделения отпуска является соглашение работника и работодателя, но инициатором должен быть работник.

В комментируемой статье установлена минимальная продолжительность каждой из частей разделенного отпуска — 14 дней. Таким образом, если работнику предоставляется ежегодный оплачиваемый отпуск продолжительностью 28 календарных дней, то он может быть разделен на две равные части по 14 дней.

Возможна ситуация, когда работник, находящийся в отпуске, необходим для выполнения какой-либо срочной работы. В этом случае работодатель вправе отозвать его из отпуска. Однако такой отзыв возможен только с согласия работника, которое должно быть дано в письменной форме (хотя ТК РФ и не устанавливает такого требования, письменная форма согласия позволит в дальнейшем исключить возможные конфликтные ситуации между работником и работодателем).

В комментируемой статье названы категории работников, отзыв которых из ежегодного оплачиваемого отпуска запрещен. Это:
— работники в возрасте до 18 лет;
— беременные женщины;
— работники, занятые на работах с вредными и (или) опасными условиями труда.

Решение о том, выйти или нет на работу, должен принимать работник. Работник вправе отказаться выйти на работу, а учитывая, что законом предусмотрено право работодателя досрочно отозвать работника из отпуска на работу только с его согласия, отказ работника (независимо от причины) от выполнения распоряжения работодателя о выходе на работу до окончания отпуска нельзя рассматривать как нарушение трудовой дисциплины (п.37 постановления Пленума ВС РФ о применении судами ТК РФ).

Работнику, отозванному из отпуска, ч.2 ст. 125 ТК РФ предоставляет право использовать оставшиеся дни отпуска в удобное время. В этом случае ТК РФ явным образом исключает применение графика: время использования оставшихся дней отпуска всецело зависит от усмотрения работника, и работодателю остается лишь согласиться со сделанным работником выбором. Отметим, готовность работника пожертвовать своим отпуском ради интересов производства не всегда бывает оценена, и судебная практика — наглядное тому подтверждение.

Ленинским районным судом г.Ульяновска был рассмотрен трудовой спор, который возник из-за того, что работодатель отказался предоставить работнику часть отпуска, из которого тот был отозван, в удобное для него время: непосредственно перед увольнением по собственному желанию. Работнику пришлось решать вопрос о времени отпуска самостоятельно, что послужило причиной его увольнения за прогул. Не согласившись с такой оценкой своих действий, работник обратился в суд с иском об изменении формулировки основания увольнения и компенсации морального вреда. Суд подтвердил, что по смыслу ст. 125 ТК РФ работодатель обязан предоставить работнику неиспользованные дни отпуска в любое время, и удовлетворил заявленные требования (см. решение Ленинского районного суда г.Ульяновска от 11 октября 2010 года N 2-5317/10).

________________
См. : Шельмук Ю. Ежегодный оплачиваемый… прогул? // ЭЖ-Юрист. 2011. N 41. С.1, 4.

Комментируя данную статью, представляется необходимым обратиться к положениям международных актов. В ст. 8 Конвенции N 132 МОТ «Об оплачиваемых отпусках (пересмотренная в 1970 году)» (принята в г.Женева 24 июня 1970 года на 54-й сессии Генеральной конференции МОТ) содержится требование о том, что одна из частей отпуска должна составлять, по меньшей мере, две непрерывные рабочие недели. Данное требование должно быть обеспечено, если иное не предусмотрено в соглашении, связывающем работодателя и работника, и при условии, что продолжительность работы дает работнику такое право. Такая часть ежегодного оплачиваемого отпуска предоставляется и используется не позже, чем в течение одного года, а остаток ежегодного оплачиваемого отпуска не позже, чем в течение восемнадцати месяцев после окончания того года, за который предоставляется отпуск.

Кроме того, согласно ст. 3 указанной Конвенции МОТ N 132 ни в каком случае отпуск не может составлять менее трех рабочих недель за один год работы. Любая часть ежегодного отпуска сверх установленной минимальной продолжительности может быть отложена с согласия работника на период, не выходящий за определенные отдельно установленные пределы.

Другой комментарий к ст. 125 ТК РФ

1. Разделение отпуска на части допускается по соглашению между работником и работодателем. Количество частей, на которые может быть разделен отпуск, законом не определено и устанавливается по соглашению сторон. Часть 1 комментируемой статьи лишь требует, чтобы хотя бы одна часть отпуска была не менее 14 календарных дней. Это требование соответствует стандартам МОТ.

Предоставление каждой части отпуска осуществляется с соблюдением общих правил, касающихся предупреждения работника о наступлении срока отпуска и выплаты средней заработной платы.

2. Отзыв работника из отпуска является, по существу, способом разделения отпуска на части, причем инициатором такого разделения отпуска выступает работодатель. Трудовой кодекс не определяет, какие обстоятельства могут послужить основанием для отзыва работника из отпуска. В любом случае такой отзыв допускается только с согласия работника. Отказ работника (независимо от причины) от выполнения распоряжения работодателя о выходе работу до окончания отпуска не может рассматриваться как нарушение трудовой дисциплины (п. 37 Постановления Пленума ВС РФ от 17 марта 2004 г. N 2 «О применении судами Российской Федерации Трудового кодекса Российской Федерации»).

При отзыве работника из отпуска производится перерасчет заработной платы, а в дальнейшем при использовании оставшейся части отпуска средняя заработная плата за отпуск выплачивается на общих основаниях.

Консультации и комментарии юристов по законодательной системе РФ

Если у вас остались вопросы по законодательству РФ и вы хотите быть уверены в актуальности представленной информации, вы можете проконсультироваться у юристов нашего сайта.

Задать вопрос можно по телефону или на сайте. Первичные консультации проводятся бесплатно с 9:00 до 21:00 ежедневно по Московскому времени. Вопросы, полученные с 21:00 до 9:00, будут обработаны на следующий день.

Виды отпусков | Список отпусков, обязательных для работодателей

🍹 Отпуск — это время, когда работник не ходит на работу, но необязательно отдыхает. Мы составили список отпусков по Трудовому кодексу — с сохранением зарплаты и без содержания. В них работодатель должен отпустить работника, даже если не хочет.

Ежегодный отпуск

Что за отпуск. Для отдыха от работы. Полагается каждому работнику в штате, не зависит от должности и профессии. Основание — ст. 114, 122 ТК РФ.

Первый отпуск дают через 6 месяцев. Последующие — по графику отпусков. Беременным и женщинам в декрете отпуск дают раньше по их желанию.

Вне графика отдыхают несовершеннолетние, родители детей-инвалидов до 18 лет и многодетные. Эти работники сами выбирают время, как им удобно. 

За время отдыха работодатель платит средний заработок. Эти выплаты принято называть отпускными.  

Вызвать работника на работу из отпуска можно только с его согласия.

Продолжительность. 28 календарных дней в год.

В своей компании ежегодный отпуск можно установить и больше. Тогда это записывают в трудовой договор или локальный акт.

Несовершеннолетние отдыхают дольше — 31 календарный день. Педагоги садов, школ, колледжей и вузов — от 42 до 56 дней.

Праздничные выходные в ежегодный отпуск не засчитываются. В этом случае отпуск удлиняется на количество праздничных дней.

Отдых можно разбить на части. Но одна из частей должна быть минимум 14 дней. Если работник не успел отгулять и уволился, ему платят компенсацию. Основание — ст. 115, 120, 125, 127 ТК РФ.

Документы для оформления. Заявление работника, приказ, запись в личную карточку.

🌴 Статья: как отправить сотрудника в отпуск

💵 Статья: как рассчитать компенсацию отпуска при увольнении

Дополнительный отпуск с сохранением зарплаты

Что за отпуск. Для отдыха работников с вредной и ненормированной работой. Это тот же самый ежегодный отпуск, только удлинённый. Основание — ст. 116 ТК РФ.

Продолжительность. Работникам с вредными условиями труда 2, 3 и 4 степени или опасными по результатам спецоценки добавляют минимум 7 дней. Ежегодный отпуск получается 28 + 7 = 35 календарных дней.

За ненормированный рабочий день добавляют минимум три дня. Получается 28 + 3 = 31 календарный день. Ненормированный день — это когда работодатель время от времени просит задержаться после смены. И это обязательно записано в трудовом договоре.

На Крайнем Севере к дополнительному отпуску плюсуют ещё 24 календарных дня. А в приравненных к ним районах — 16 календарных дней.

Документы для оформления. Заявление работника, приказ, запись в личную карточку.

Отпуск за свой счёт

Что за отпуск. Когда работник не может ходить на работу по семейным обстоятельствам или другим уважительным причинам. Например, ухаживает за умирающим родственником. Список обстоятельств неограничен. Основание — ст. 128 ТК РФ.

Зарплату за это время не начисляют, отпускные перед уходом не дают.

Заставить работника уйти в отпуск без содержания нельзя.  

Продолжительность. Работодатель обязан отпустить в отпуск без содержания:

— участников ВОВ — на 35 календарных дней в году;

— пенсионеров по возрасту — на 14 календарных дней в году;

— родителей и супругов погибших военных, полицейских, пожарников, работников службы исполнения наказаний — на 14 календарных дней в году;

— инвалидов — на 60 календарных дней в году;

— при рождении ребёнка, свадьбе или смерти близких — на 5 календарных дней, можно несколько раз в год.

Во всех остальных случаях по сроку отпуска за свой счёт договариваются. Нижнего и верхнего предела нет, можно оформить и на три дня, и на год. 

Документы для оформления. Заявление работника, приказ, запись в личную карточку. Плюс — документы, которые подтверждают, что работник не может работать. Например, свидетельство о смерти родственника.  Если срок прошёл, а работник всё ещё не может выйти, он снова пишет заявление, а работодатель снова издаёт приказ.

Отпуск для исполнения государственных и общественных обязанностей

Что за отпуск. Работникам, которые ушли по вызову в присяжные заседатели, баллотируются в депутаты или мобилизованы во время чрезвычайной ситуации. Основание — ст. 170 ТК РФ.

Зарплату работнику не начисляют. Работник получит вознаграждение от госоргана, который привлёк его к исполнению обязанности.

Продолжительность. На всё время исполнения обязанностей.

Документы для оформления. Заявление работника, приказ, запись в личную карточку.

Учебный отпуск

Что за отпуск. Для учеников, студентов и аспирантов учебных заведений с государственной аккредитацией. Если работник учится в частном заведении без аккредитации или просто на курсах, учебный отпуск ему не полагается. Основание — ст. 173, 173.1, 174-177 ТК РФ.

На учебу отпускают только, когда образование данного уровня работник получает первый раз. При получении второго высшего отпуск можно не давать. 

Продолжительность. Зависит от уровня образования и формы обучения.

Студентам вузов на заочной и очно-заочной форме дают отпуск с сохранением зарплаты:

— на сессии на 1 и 2 курсах — 40 календарных дней, на последующих курсах — 50 календарных дней;

— на госэкзамены и защиту дипломной — до четырех месяцев.

Абитуриентам вузов дают отпуск без сохранения зарплаты:

— на вступительные экзамены — 15 календарных дней;

— на подготовительные курсы — 15 календарных дней.

Студентам вузов на очной форме дают отпуск без сохранения зарплаты:

— на сессии — 15 календарных дней за весь год;

— на госэкзамены и защиту дипломной — до четырех месяцев.

Аспирантам и ординаторам на заочке дают дополнительный отпуск с сохранением зарплаты 30 календарных дней в год.

Студентам колледжей и училищ на заочной и очно-заочной форме дают отпуск с сохранением зарплаты:

— на сессии на 1 и 2 курсах — 30 календарных дней, на последующих курсах — 40 календарных дней;

— на госники и защиту дипломной — до двух месяцев.

Абитуриентам колледжей и училищ дают отпуск без сохранения зарплаты:

— на вступительные экзамены — 10 календарных дней;

Студентам колледжей и училищ на очной форме дают отпуск без сохранения зарплаты:

— на сессии — 10 календарных дней за весь год;

— на госники и защиту дипломной — до двух месяцев.

Школьникам дают отпуск с сохранением зарплаты:

— на экзамены после 9 класса — 9 календарных дней;

— на экзамены после 11 класса — 22 календарных дня.

Документы для оформления. Справка-вызов из учебного заведения — в ней будет срок сессии и экзаменов, заявление работника, приказ, запись в личную карточку.

Отпуск на повышение квалификации

Что за отпуск. Для профессионального обучения и прохождения независимой оценки квалификации. Например, косметолог в салоне идет на курсы по аппаратной косметологии на три месяца. Такое ещё называют обучением с отрывом от производства. Основание — ст. 187 ТК РФ.

Во время учёбы работник получает средний заработок.

Продолжительность. На время учёбы и экзаменов.

Документы для оформления. Приказ работодателя, запись в личную карточку.

👥

Курс молодого работодателя

Начните работать с сотрудниками за 11 уроков

Начать обучение

Декретный отпуск

Что за отпуск. Для рождения и ухода за ребёнком, пока ему не исполнится три года. Усыновители тоже имеют право на декретный отпуск. Основание — ст. 255-257 ТК РФ.

Вместо зарплаты работник получает пособия от Фонда социального страхования.

Продолжительность. Декрет делится на два отпуска — по беременности и родам и по уходу за ребёнком.

Сначала женщине дают отпуск по беременности и родам:

— на 140 дней при обычной беременности — 70 до родов и 70 после;

— на 194 дня при тяжёлых родах и многоплодной беременности — 84 до родов и 110 после.

Потом начинается отпуск по уходу — пока ребёнку не исполнится три года. В отпуск по уходу может уйти не только мать, но и отец, бабушка, дедушка или другой родственник.

Усыновителю дают отпуск с момента усыновления до дня, когда ребёнку исполнится 70 дней. Если взяли сразу несколько детей — 110 дней со дня их рождения.

Документы для оформления. Больничный лист, заявление работника, приказ, свидетельство о рождении, запись в личную карточку.

🍼 Статья: как отправить сотрудника в декрет

💰 Статья: пособия сотруднику при рождении ребёнка

Статья актуальна на 

Роструд назвал основания для отстранения от работы непривитых от COVID-19

Трудовой кодекс (ТК) РФ предусматривает возможность отстранить сотрудника от работы за несоблюдение ряда нормативных правовых актов, сообщил Роструд. В частности, основанием для отстранения может быть нарушение закона «Об иммунопрофилактике инфекционных болезней», обязывающего делать профилактические прививки «по эпидемическим показаниям».

Как сообщает пресс-служба Роструда, в ч. 1 ст. 76 ТК РФ уточняется, что отстранить работника от выполнения трудовых обязанностей можно в случаях, предусмотренных не только ТК и федеральными законами, но и иными нормативными правовыми актами. Одним из таких случаев Роструд называет нарушение федерального закона «Об иммунопрофилактике инфекционных болезней». В нем говорится, что отсутствие профилактических прививок «влечет отказ в приеме на работу» или отстранение от нее.

Роструд пояснил, что вакцинироваться нужно, если речь идет «о высоком риске заболевания и его дальнейшем распространении». В таких случаях санитарные врачи и их заместители в регионах уполномочены выносить постановления о проведении профилактических прививок гражданам или отдельным группам граждан «по эпидемическим показаниям». Эти полномочия подтверждаются п.1 ст. 51 закона «О санитарно-эпидемиологическом благополучии населения», п. 2 ст. 10 закона «Об иммунопрофилактике инфекционных болезней», а также приказом Минздрава №125 «Об утверждении национального календаря профилактических прививок и календаря профилактических прививок по эпидемическим показаниям». Роструд отмечает, что вакцинация от коронавируса внесена в календарь профилактических прививок.

Решение об обязательной вакцинации принято более чем в 10 регионах, в том числе в Москве и Подмосковье, Санкт-Петербурге, Ненецком автономном округе, Ленинградской, Тульской, Сахалинской и Тверской областях, Якутии, Кузбассе, на Кубани. В Москве требование об обязательной вакцинации распространили и на сотрудников доставки. Также в столице с 28 июня запрещено будет посещать рестораны непривитым, людям без антител или ПЦР.

О ситуации с коронавирусом в России читайте в публикации “Ъ” «Баланс спроса и заражения».

Т-клетки нового поколения с химерными антигенными рецепторами: стратегии безопасности для преодоления токсичности | Молекулярный рак

  • Флинт Т.Р., Фирон Д.Т., Яновиц Т. Связь метаболических и иммунных реакций с раком. Тренды Мол Мед.2017;23(5):451–64.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Ю С, Ли А, Лю К, Ли Т, Юань Х, Хань Х и др. Т-клетки с химерным антигенным рецептором: новая терапия солидных опухолей. J Гематол Онкол. 2017;10(1):78.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Ю С, Ли А, Лю К, Юань Х, Сю Х, Цзяо Д и др.Недавние достижения биспецифических антител в солидных опухолях. J Гематол Онкол. 2017;10(1):155.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Йи М., Ю С., Цинь С., Лю К., Сюй Х., Чжао В. и др.Микробиом кишечника модулирует эффективность ингибиторов иммунных контрольных точек. J Гематол Онкол. 2018;11(1):47.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Мод С.Л., Фрей Н., Шоу П.А., Апленк Р., Барретт Д.М., Бунин Н.Дж., и соавт. Т-клетки с химерным рецептором антигена для устойчивых ремиссий при лейкемии. N Engl J Med. 2014;371(16):1507–17.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Махер Дж., Уилки С., Дэвис Д.М., Ариф С., Пикко Дж., Жюльен С. и др. Нацеливание на ассоциированные с опухолью гликоформы MUC1 с помощью Т-клеток CAR. Иммунитет. 2016;45(5):945–6.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Феснак А.Д., Джун Ч., Левин Б.Л.Сконструированные Т-клетки: перспективы и проблемы иммунотерапии рака. Нат Рев Рак. 2016;16(9):566–81.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Di S, Li Z. Лечение солидных опухолей Т-клетками, сконструированными с использованием химерных антигенных рецепторов: текущее состояние и перспективы на будущее. Наука Китая Life Sci. 2016;59(4):360–9.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Chmielewski M, Hombach AA, Abken H. О CAR и TRUCK: Т-клетки с химерным антигенным рецептором (CAR), сконструированные с помощью индуцибельного цитокина для модуляции стромы опухоли.Immunol Rev. 2014;257(1):83–90.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Давила М.Л., Ривьер И., Ван Х., Бартидо С., Парк Дж., Карран К. и др. Эффективность и контроль токсичности терапии 19-28z CAR Т-клетками при остром В-клеточном лимфобластном лейкозе.Sci Transl Med. 2014;6(224):224ra225.

    Артикул КАС Google ученый

  • Grupp SA, Kalos M, Barrett D, Aplenc R, Porter DL, Rheingold SR, et al. Т-клетки, модифицированные химерным антигенным рецептором, при остром лимфоидном лейкозе. N Engl J Med. 2013;368(16):1509–18.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Портер Д.Л., Хванг В.Т., Фрей Н.В., Лейси С.Ф., Шоу П. А., Лорен А.В. и др.Т-клетки с химерным антигенным рецептором персистируют и вызывают устойчивые ремиссии при рецидивирующем рефрактерном хроническом лимфоцитарном лейкозе. Sci Transl Med. 2015;7(303):303ra139.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Портер Д.Л., Левин Б.Л., Калос М., Багг А., Джун Ч. Т-клетки, модифицированные химерным антигенным рецептором, при хроническом лимфолейкозе. N Engl J Med. 2011;365(8):725–33.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Kochenderfer JN, Dudley ME, Kassim SH, Somerville RP, Carpenter RO, Stetler-Stevenson M, et al.Рефрактерную к химиотерапии диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому и индолентные В-клеточные злокачественные новообразования можно эффективно лечить с помощью аутологичных Т-клеток, экспрессирующих химерный антигенный рецептор против CD19. Дж. Клин Онкол. 2015;33(6):540–9.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Лейфман Ю. Химерные антигенные рецепторы: открывая новую эру противораковой терапии. Раковая ячейка Интерн. 2018;18(182).

  • Шуберт М.Л., Хоффманн Дж.М., Дрегер П., Мюллер-Тидоу С., Шмитт М.Т-клетки, трансдуцированные химерным антигенным рецептором: подготовка к следующему поколению. Инт Джей Рак. 2018;142(9):1738–47.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Битти Г.Л., О’Хара М. Т-клетки, модифицированные химерным антигенным рецептором, для лечения солидных опухолей: определение задач и следующих шагов. Фармакол Тер. 2016; 166(30–39).

    КАС Статья Google ученый

  • Сунь С., Хао Х., Ян Г., Чжан И. , Фу Ю.Иммунотерапия CAR-модифицированными Т-клетками: токсичность и стратегии преодоления. Дж. Иммунол Рез. 2018;2018(2386187).

    Google ученый

  • Lee DW, Gardner R, Porter DL, Louis CU, Ahmed N, Jensen M, et al. Современные концепции диагностики и лечения синдрома высвобождения цитокинов. Кровь. 2014;124(2):188–95.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Хей К.А., Ханафи Л.А., Ли Д., Густ Дж., Лайлз В.К., Вурфель М.М. и др.Кинетика и биомаркеры тяжелого синдрома высвобождения цитокинов после Т-клеточной терапии, модифицированной химерным антигенным рецептором CD19. Кровь. 2017;130(21):2295–306.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Fitzgerald JC, Weiss SL, Maude SL, Barrett DM, Lacey SF, Melenhorst JJ, et al. Синдром высвобождения цитокинов после терапии Т-клетками химерного антигенного рецептора при остром лимфобластном лейкозе. Крит Уход Мед.2017;45(2):e124–31.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Wang Z, Han W. Биомаркеры синдрома высвобождения цитокинов и нейротоксичности, связанные с терапией CAR-T-клетками. Биомарк Рез. 2018;6(40).

  • Лю Д., Чжао Дж. Синдром высвобождения цитокинов: классификация, моделирование и новая терапия. J Гематол Онкол. 2018;11(1):121.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Портер Д., Фрей Н., Вуд П.А., Венг Ю., Групп С.А.Оценка синдрома высвобождения цитокинов, связанного с терапией CAR Т-клетками тисагенлеклеуцелом. J Гематол Онкол. 2018;11(1):35.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Де Бенедетти Ф., Бруннер Х.И., Руперто Н., Кенрайт А., Райт С., Кальво И. и др.Рандомизированное исследование тоцилизумаба при системном ювенильном идиопатическом артрите. N Engl J Med. 2012;367(25):2385–95.

    ПабМед Статья КАС ПабМед Центральный Google ученый

  • Морган Р.А., Ян Дж.С., Китано М., Дадли М.Е., Лоренкот К.М., Розенберг С.А. Отчет о серьезном нежелательном явлении после введения Т-клеток, трансдуцированных химерным антигенным рецептором, распознающим ERBB2. Мол Тер. 2010;18(4):843–51.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Гош А. , Смит М., Джеймс С.Е., Давила М.Л., Веларди Э., Аргиропулос К.В. и др.Донорские Т-клетки CD19 CAR проявляют мощную активность «трансплантат против лимфомы» со сниженной активностью «трансплантат против хозяина». Нат Мед. 2017;23(2):242–9.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Карран К.Дж., Пеграм Х.Дж., Брентдженс Р.Дж. Химерные антигенные рецепторы для Т-клеточной иммунотерапии: современное понимание и будущие направления. Дж Джин Мед. 2012;14(6):405–15.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Maus MV, Haas AR, Beatty GL, Albelda SM, Levine BL, Liu X, et al.Т-клетки, экспрессирующие химерные антигенные рецепторы, могут вызывать анафилаксию у людей. Рак Иммунол Рез. 2013;1(1):26–31.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Hu Y, Sun J, Wu Z, Yu J, Cui Q, Pu C и др.Преобладающий синдром высвобождения церебральных цитокинов при CD19-направленной Т-клеточной терапии, модифицированной химерным антигенным рецептором. J Гематол Онкол. 2016;9(1):70.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Мэй Х., Цзян Х., У И, Го Т., Ся Л., Джин Р. и др. Неврологическая токсичность и нарушения коагуляции при синдроме высвобождения цитокинов на фоне CAR-T терапии. Бр Дж Гематол. 2018;181(5):689–92.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Moolten FL, Wells JM. Излечимость опухолей, несущих гены тимидинкиназы герпеса, переносимые ретровирусными векторами. J Natl Cancer Inst. 1990;82(4):297–300.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Сангро Б., Маццолини Г., Руис М., Руис Дж., Кирога Дж., Эрреро И. и др.Клинические испытания фазы I генной терапии на основе тимидинкиназы при распространенной гепатоцеллюлярной карциноме. Ген Рака Ther. 2010;17(12):837–43.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Мэтьюз Т., Беме Р. Противовирусная активность и механизм действия ганцикловира. Преподобный Заражает Дис. 1988; 10 Приложение 3 (S490–494).

    КАС Статья Google ученый

  • Мултен, Флорида.Химиочувствительность опухоли, обусловленная встроенными генами тимидинкиназы герпеса: парадигма перспективной стратегии борьбы с раком. Рак рез. 1986;46(10):5276–81.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Bonini C, Ferrari G, Verzeletti S, Servida P, Zappone E, Ruggieri L и др. Перенос гена HSV-TK в донорские лимфоциты для контроля аллогенной реакции «трансплантат против лейкемии». Наука. 1997; 276 (5319): 1719–24.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Ciceri F, Bonini C, Marktel S, Zappone E, Servida P, Bernardi M, et al.Противоопухолевые эффекты HSV-TK-инженерных донорских лимфоцитов после аллогенной трансплантации стволовых клеток. Кровь. 2007;109(11):4698–707.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Ciceri F, Bonini C, Stanghellini MT, Bondanza A, Traversari C, Salomoni M, et al. Инфузия донорских лимфоцитов с суицидным геном после семейной гаплоидентичной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток при лейкемии (испытание TK007): нерандомизированное исследование фазы I-II.Ланцет Онкол. 2009;10(5):489–500.

    ПабМед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Tiberghien P, Ferrand C, Lioure B, Milpied N, Angonin R, Deconinck E, et al. Введение донорских Т-клеток, экспрессирующих тимидинкиназу простого герпеса, с аллогенным трансплантатом костного мозга, обедненным Т-клетками. Кровь. 2001;97(1):63–72.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Berger C, Flowers ME, Warren EH, Riddell SR. Анализ трансген-специфических иммунных ответов, которые ограничивают персистенцию in vivo адоптивно перенесенных HSV-TK-модифицированных донорских Т-клеток после аллогенной трансплантации гемопоэтических клеток. Кровь. 2006;107(6):2294–302.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Lupo-Stanghellini MT, Provasi E, Bondanza A, Ciceri F, Bordignon C, Bonini C.Клиническое влияние суицидной генной терапии при аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток. Гул Джин Тер. 2010;21(3):241–50.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Ма А, Кока Р, Беркетт П.Разнообразные функции ИЛ-2, ИЛ-15 и ИЛ-7 в лимфоидном гомеостазе. Анну Рев Иммунол. 2006; 24 (657–679).

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Хойос В., Савольдо Б., Квинтарелли С., Махендравада А., Чжан М., Вера Дж. и др. Разработка CD19-специфических Т-лимфоцитов с интерлейкином-15 и суицидным геном для усиления их антилимфомного/лейкемического действия и безопасности. Лейкемия. 2010;24(6):1160–70.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Budde LE, Berger C, Lin Y, Wang J, Lin X, Frayo SE и др. Комбинация химерного антигенного рецептора CD20 и индуцируемого самоубийственного переключателя каспазы 9 для повышения эффективности и безопасности Т-клеточной адоптивной иммунотерапии лимфомы. ПЛОС Один. 2013;8(12):e82742.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Мод С.Л., Тичи Д.Т., Портер Д.Л., Групп С.А. Т-клеточная терапия с химерным антигенным рецептором, нацеленным на CD19, при остром лимфобластном лейкозе. Кровь. 2015;125(26):4017–23.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Дьякону И., Баллард Б., Чжан М., Чен Ю., Уэст Дж., Дотти Г. и др. Индуцируемая каспаза-9 избирательно модулирует токсичность Т-клеток, модифицированных CD19-специфическим химерным антигенным рецептором. Мол Тер. 2017;25(3):580–92.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Пирс Д.Дж., Тауссиг Д., Зибара К., Смит Л.Л., Ридлер С.М., Преудомм С. и др. Приживление ОМЛ в анализе NOD/SCID отражает исход ОМЛ: последствия для нашего понимания гетерогенности ОМЛ. Кровь. 2006;107(3):1166–73.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Минагава К., Джамиль М.О., Аль-Обаиди М., Перебоева Л., Зальцман Д., Эрба Х.П. и др.Доклиническая валидация in vitro модифицированных геном суицида анти-CD33 перенаправленных химерных антигенных рецепторов Т-клеток для лечения острого миелоидного лейкоза. ПЛОС Один. 2016;11(12):e0166891.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Warfvinge R, Geironson L, Sommarin MNE, Lang S, Karlsson C, Roschupkina T, et al. Молекулярный анализ одиночных клеток определяет ответ на терапию и иммунофенотип субпопуляций стволовых клеток при ХМЛ. Кровь. 2017;129(17):2384–94.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Варда В., Лароса Ф., Нето Да Роча М., Трад Р., Деконинк Э., Файлун З. и др.Гемопоэтические стволовые клетки CML, экспрессирующие IL1RAP, могут быть нацелены на Т-клетки, сконструированные с помощью химерного антигенного рецептора. Рак рез. 2019;79(3):663–75.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Баллен К.К., Корет Дж., Чен Ю.Б., Дей Б.Р., Спитцер Т.Р. Выбор оптимального альтернативного источника трансплантата: несовместимый неродственный донор, пуповинная кровь или гаплоидентичный трансплантат. Кровь. 2012; 119(9):1972–80.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Amrolia PJ, Muccioli-Casadei G, Huls H, Adams S, Durett A, Gee A, et al.Адоптивная иммунотерапия аллодеплетированными донорскими Т-клетками улучшает восстановление иммунитета после трансплантации гаплоидентичных стволовых клеток. Кровь. 2006; 108 (6): 1797–808.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Ди Стази А., Тей С.К., Дотти Г., Фуджита Ю., Кеннеди-Насер А., Мартинес С. и др. Индуцибельный апоптоз как защитный переключатель для адоптивной клеточной терапии. N Engl J Med. 2011;365(18):1673–83.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Чжоу С., Ди Стаси А., Тей С.К., Кранс Р.А., Мартинес С., Леунг К.С. и др.Отдаленный результат после гаплоидентичной трансплантации стволовых клеток и инфузии Т-клеток, экспрессирующих безопасный трансген индуцибельной каспазы 9. Кровь. 2014;123(25):3895–905.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Zhou X, Dotti G, Krance RA, Martinez CA, Naik S, Kamble RT, et al. Индуцибельный суицидный ген каспазы-9 контролирует побочные эффекты аллореплетных Т-клеток после трансплантации гаплоидентичных стволовых клеток.Кровь. 2015;125(26):4103–13.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Гриффиоэн М., ван Эгмонд Э.Х., Кестер М.Г., Виллемзе Р., Фалькенбург Дж.Х., Хемскерк М.Х.Ретровирусный перенос человеческого CD20 в качестве суицидального гена для адоптивной Т-клеточной терапии. Гематология. 2009;94(9):1316–20.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Филип Б., Кокалаки Э., Меккауи Л., Томас С., Страатхоф К., Флаттер Б. и др. Очень компактный маркер/ген самоубийства на основе эпитопа для более простой и безопасной терапии Т-клеток. Кровь. 2014;124(8):1277–87.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Джонс Б.С., Лэмб Л.С., Голдман Ф., Ди Стази А. Повышение безопасности продуктов клеточной терапии путем переноса суицидального гена. Фронт Фармакол. 2014;5(254).

  • Kloss CC, Condomines M, Cartellieri M, Bachmann M, Sadelain M. Комбинаторное распознавание антигена со сбалансированной передачей сигналов способствует селективной эрадикации опухоли с помощью инженерных Т-клеток.Нац биотехнолог. 2013;31(1):71–5.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Lanitis E, Poussin M, Klattenhoff AW, Song D, Sandaltzopoulos R, June CH, et al. Т-клетки химерного антигенного рецептора с диссоциированными сигнальными доменами проявляют сфокусированную противоопухолевую активность со сниженным потенциалом токсичности in vivo. Рак Иммунол Рез. 2013;1(1):43–53.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Wilkie S, van Schalkwyk MC, Hobbs S, Davies DM, van der Stegen SJ, Pereira AC, et al.Двойное нацеливание на ErbB2 и MUC1 при раке молочной железы с использованием химерных антигенных рецепторов, сконструированных для обеспечения комплементарной передачи сигналов. Дж. Клин Иммунол. 2012;32(5):1059–70.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Града З., Хегде М., Берд Т., Шаффер Д.Р., Гази А., Броули В.С. и др. TanCAR: новый биспецифический химерный антигенный рецептор для иммунотерапии рака. Молекулярные нуклеиновые кислоты. 2013;2(e105).

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Hegde M, Mukherjee M, Grada Z, Pignata A, Landi D, Navai SA, et al.Тандемные Т-клетки CAR, нацеленные на HER2 и IL13Ralpha2, уменьшают утечку опухолевого антигена. Джей Клин Инвест. 2016;126(8):3036–52.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Li D, Hu Y, Jin Z, Zhai Y, Tan Y, Sun Y и др. Т-клетки TanCAR, нацеленные на CD19 и CD133, эффективно уничтожают лейкозные клетки MLL. Лейкемия. 2018;32(9):2012–6.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Qin H, Ramakrishna S, Nguyen S, Fountaine TJ, Ponduri A, Stetler-Stevenson M, et al.Доклиническая разработка двухвалентных химерных антигенных рецепторов, нацеленных как на CD19, так и на CD22. Мол Тер Онколитики. 2018;11(127–137).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Schneider D, Xiong Y, Wu D, Nlle V, Schmitz S, Haso W, et al. Тандемный лентивирусный вектор CD19/CD20 CAR управляет направленной и нецелевой антигенной модуляцией в клеточных линиях лейкемии. J Иммунный рак. 2017;5(42).

  • Морсут Л., Ройбал К.Т., Сюн Х., Гордли Р.М., Койл С.М., Томсон М. и др.Разработка настраиваемого поведения клеточного восприятия и ответа с использованием синтетических рецепторов выреза. Клетка. 2016;164(4):780–91.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Yuan X, Wu H, Xu H, Xiong H, Chu Q, Yu S и др. Передача сигналов Notch: новая терапевтическая мишень для лечения рака. Рак Летт. 2015;369(1):20–7.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Балакришнан А., Гудпастер Т., Рэндольф-Хабекер Дж., Хоффстром Б.Г., Джаликис Ф.Г., Кох Л.К. и др. Анализ экспрессии белка ROR1 в раковых и нормальных тканях человека. Клин Рак Рез. 2017;23(12):3061–71.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Сривастава С., Солтер А.И., Лиггитт Д., Ечан-Гунья С., Сарвотама М., Купер К. и др.Экспрессия химерного антигенного рецептора Logic-Gated ROR1 устраняет токсичность, опосредованную Т-клетками, по отношению к нормальным тканям и обеспечивает селективное нацеливание на опухоль. Раковая клетка. 2019;35(3):489–503. e488.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Roybal KT, Williams JZ, Morsut L, Rupp LJ, Kolinko I, Choe JH , et al. Разработка Т-клеток с индивидуальными программами терапевтического ответа с использованием синтетических Notch-рецепторов.Клетка. 2016;167(2):419–432.e416.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Шарма П., Вагнер К., Волчок Д.Д., Эллисон Д.П. Новые агенты иммунотерапии рака с пользой для выживания: недавние успехи и следующие шаги. Нат Рев Рак. 2011;11(11):805–12.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Федоров В.Д., Темели М., Садлен М.Ингибирующие химерные антигенные рецепторы (iCAR) на основе PD-1 и CTLA-4 отклоняют нецелевые ответы иммунотерапии. Sci Transl Med. 2013;5(215):215ra172.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Ким М.С., Ма Дж.С., Юн Х., Цао И., Ким Дж.И., Чи В. и др. Перенаправление генно-инженерных CAR-T-клеток с использованием бифункциональных малых молекул. J Am Chem Soc. 2015;137(8):2832–5.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Тамада К., Гэн Д., Сакода Ю., Бансал Н., Сривастава Р., Ли З. и др.Перенаправление генно-модифицированных Т-клеток на различные типы рака с использованием меченых антител. Клин Рак Рез. 2012;18(23):6436–45.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Ма Дж. С., Ким Дж. Ю., Казане С. А., Чой С. Х., Юн Х.И., Ким М. С. и др. Универсальная стратегия контроля специфичности и активности сконструированных Т-клеток. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016;113(4):E450–8.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Кудо К., Имаи С., Лоренцини П., Камия Т., Коно К., Давидофф А.М. и др.Т-лимфоциты, экспрессирующие сигнальный рецептор CD16, вызывают зависимое от антител уничтожение раковых клеток. Рак рез. 2014;74(1):93–103.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Вайс А., Литтман Д.Р. Передача сигнала антигенными рецепторами лимфоцитов. Клетка. 1994;76(2):263–74.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Ву С.Ю., Ройбал К.Т., Пухнер Э.М., Онуфер Дж., Лим В.А.Дистанционное управление терапевтическими Т-клетками с помощью химерного рецептора, управляемого небольшими молекулами. Наука. 2015;350(6258):aab4077.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • ван Шалквик М.С., Папа С.Е., Джиннон Дж.П., Герреро Урбано Т., Спайсер Дж.Ф., Махер Дж.План клинического испытания фазы I для оценки внутриопухолевой доставки Т-клеток химерного антигенного рецептора, нацеленного на ErbB, при местно-распространенном или рецидивирующем раке головы и шеи. Hum Gene Ther Clin Dev. 2013;24(3):134–42.

    ПабМед Статья КАС Google ученый

  • Адусумилли П.С., Черкасский Л., Виллена-Варгас Дж., Коловос С., Серве Э., Плоткин Дж. и др. Регионарное введение мезотелин-таргетной терапии CAR Т-клетками создает мощный и продолжительный CD4-зависимый опухолевый иммунитет.Sci Transl Med. 2014;6(261):261ra151.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Исправление: мезотелин-специфические химерные антигенные рецепторы, сконструированные с помощью мРНК, Т-клетки индуцируют противоопухолевую активность при солидных злокачественных опухолях.Рак Иммунол Рез. 2015;3(2):217.

  • Song DG, Ye Q, Poussin M, Liu L, Figini M, Powell DJ Jr. Полностью человеческий химерный антигенный рецептор с мощной активностью против раковых клеток, но с уменьшенным риском внеопухолевой токсичности. Онкотаргет. 2015;6(25):21533–46.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Карузо Х.Г., Хертон Л.В., Наджар А., Рашворт Д., Анг С., Оливарес С. и др. Настройка чувствительности CAR к плотности EGFR ограничивает распознавание нормальной ткани, сохраняя при этом мощную противоопухолевую активность. Рак рез. 2015;75(17):3505–18.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Арканджели С., Ротироти М.С., Барделли М., Симонелли Л., Маньяни С.Ф., Бионди А. и др.Баланс аффинности и плотности связывания химерного антигенного рецептора анти-CD123 для нацеливания на острый миелоидный лейкоз. Мол Тер. 2017; 25(8):1933–45.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Chen F, Teachey DT, Pequignot E, Frey N, Porter D, Maude SL, et al. Измерение IL-6 и sIL-6R в сыворотке пациентов, получавших тоцилизумаб и/или силтуксимаб после терапии CAR Т-клетками. Дж Иммунол Методы.2016; 434(1–8).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Акпек Г., Ли С.М., Андерс В., Фогельсанг Г.Б. Режим пульс-стероидов с высокими дозами для контроля активной хронической реакции «трансплантат против хозяина». Трансплантация костного мозга Биол. 2001;7(9):495–502.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Молекулярные механизмы, регулирующие экспрессию микроРНК-125а в клетках гепатоцеллюлярной карциномы человека

  • Амброс В. Функции животных микроРНК. Природа 431 , 350–355 (2004).

    ОБЪЯВЛЕНИЕ КАС Статья пабмед Google ученый

  • Калин Г.А. и др. . Гены микроРНК человека часто расположены в хрупких участках и областях генома, вовлеченных в рак. Proc Natl Acad Sci USA 101 , 2999–3004 (2004 г.).

    ОБЪЯВЛЕНИЕ КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Calin, G. A. & Croce, C. M. Сигнатуры микроРНК при раке человека. Nat Rev Рак 6 , 857–866 (2006).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Китагава, Н. и др. . Подавление компонентов биогенеза микроРНК и его связь с неблагоприятным прогнозом при гепатоцеллюлярной карциноме. Наука о раке 104 , 543–551 (2013).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Фоулкс, В.Д., Прист, Дж. Р. и Дюшен, Т. Ф. DICER1: мутации, микроРНК и механизмы. Nat Rev Рак 14 , 662–672 (2014).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Потенца, Н. и др. . Новый вариант сплайсинга гена дайсера человека экспрессируется в клетках нейробластомы. ФЭБС Письмо. 584 , 3452–3457 (2010).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Рупаймул Р. и др. . Опосредованное гипоксией подавление биогенеза микроРНК способствует прогрессированию опухоли. Нац.коммун. 5 , 5202 (2014).

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • О’Рурк, Дж. Р. и др. .Существенная роль Дайсера в развитии скелетных мышц. Дев Биол. 311 , 359–368 (2007).

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Kawase-Koga, Y., Otaegi, G. & Sun, T. Различное время делеции Dicer влияет на нейрогенез и глиогенез в развивающейся центральной нервной системе мыши. Дев Дин 238 , 2800–2812 (2009).

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Потенца Н., Папа У. и Руссо А. Дифференциальная экспрессия генов Dicer и Argonaute во время дифференцировки клеток нейробластомы человека. Cell Biol Int. 33 , 734–738 (2009).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Костинян, С. и др. . Пролиферация пре-В-клеток и лимфобластный лейкоз/лимфома высокой степени злокачественности у трансгенных мышей E(mu)-miR155. Проц. Натл. акад. науч. США 103 , 7024–7029 (2006).

    ОБЪЯВЛЕНИЕ КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Негрини М. , Феррацин М., Саббиони С. и Кроче С. М. МикроРНК при раке человека: от исследований к терапии. Дж. Клеточная наука 120 , 1833–1840 (2007).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Ди Лева Г., Гарофало М. и Кроче С. М. МикроРНК при раке. Анну Рев Патол 9 , 287–314 (2014).

    Артикул пабмед Google ученый

  • Бартель, Д.P. МикроРНК: геномика, биогенез, механизм и функция. Сотовый 116 , 281–297 (2004).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Потенца Н. и Руссо А. Биогенез, эволюция и функциональные мишени микроРНК-125a. Мол Генет Геномикс 288 , 381–389 (2013).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Мосс, Э.Г., Ли, Р. К. и Амброс, В. Белок домена холодового шока LIN-28 контролирует сроки развития у C. elegans и регулируется РНК lin-4. Сотовый 88 , 637–646 (1997).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Caygill, E.E. & Johnston, L.A. Временная регуляция метаморфических процессов у дрозофилы с помощью гетерохронных микроРНК let-7 и miR-125. Карр Биол. 18 , 943–950 (2008).

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Ву, Л. и Беласко, Дж. Г. Регуляция микроРНК гена lin-28 млекопитающих во время дифференцировки нейронов клеток эмбриональной карциномы. Мол Селл Биол 25 , 9198–9208 (2005).

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Такашима Ю. и др. . Подавление летального-7b и миР-125a/b созревания с помощью Lin28b позволяет поддерживать свойства стволовых клеток в гепатобластах. Гепатология 64 , 245–260 (2016).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Скотт, Г.К. и др. . Координация подавления ERBB2 и ERBB3 за счет принудительной экспрессии микро-РНК miR-125a или miR-125b. Дж Биол Хим 282 , 1479–1486 (2007).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Ли, В. и др. . Мутация зародышевой линии микроРНК-125a связана с раком молочной железы. Дж Мед Жене 46 , 358–360 (2009).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Guo, X., Wu, Y. & Hartley, R. S. МикроРНК-125a подавляет рост клеток, нацеленных на HuR, при раке молочной железы. РНК Биол 6 , 575–583 (2009).

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Xu, Y., Huang, Z. & Liu, Y. Снижение экспрессии miR-125a-5p связано с канцерогенезом желудка посредством нацеливания на E2F3. Мол Мед Реп 10 , 2601–2608 (2014).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Вентилятор, З. и др. . МиР-125a подавляет рост, инвазию и метастазирование опухоли при раке шейки матки путем нацеливания на STAT3. Онкотаргет 6 , 25266–25280 (2015).

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Wang, G., Mao, W. & Zheng, S.Y. e J. МиР-125a-5p, регулируемая рецептором эпидермального фактора роста, метастатический ингибитор рака легких. ФЕБС Дж. 276 , 5571–5578 (2009).

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Ходжо, Н. и др. . Протоонкоген Zbtb7a как новая мишень для миР-125a. Мол Карциног. 55 , 2001–2009 (2016).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Lee, M., Kim, E.J. & Jeon, M.J. МикроРНК 125a и 125b ингибируют клетки рака яичников посредством посттранскрипционной инактивации EIF4EBP1. Онкотаргет 7 , 8726–8742 (2016).

    Артикул пабмед Google ученый

  • Тонг З. и др. . миР-125a-5p ингибирует пролиферацию клеток и индуцирует апоптоз при раке толстой кишки посредством нацеливания на BCL2, BCL2L12 и MCL1. Биомед Фармакостер 75 , 129–136 (2015).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Чжан Ю. и др. . Подавление микроРНК-125a-5p активирует сигнальный путь TAZ-EGFR и способствует пролиферации ретинобластомы. Сотовый сигнал 28 , 850–860 (2016).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Ферретти, Э. и др. . Профилирование микроРНК в медуллобластоме человека. Int J Рак 124 , 568–577 (2009).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Кортес, Массачусетс и др. . миР-29b и миР-125a регулируют подопланин и подавляют инвазию при глиобластоме. Гены Хромосомы Рак 49 , 981–990 (2010).

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Ланев, П. и др. . Взаимодействие между микроРНК и тропомиозин-родственной киназой С рецептора нейротрофина контролирует пролиферацию клеток нейробластомы человека. Proc Natl Acad Sci USA 104 , 7957–7962 (2007).

    ОБЪЯВЛЕНИЕ КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Ким, Дж. К. и др. . Онкогенный потенциал сиртуина7 при гепатоцеллюлярной карциноме человека и его регуляция опухолевыми супрессорами MiR-125a-5p и MiR-125b. Гепатология 57 , 1055–1067 (2013).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Bi, Q. и др. . Эктопическая экспрессия MiR-125a ингибирует пролиферацию и метастазирование гепатоцеллюлярной карциномы путем нацеливания на MMP11 и VEGF. PLoS Один. 7 , e40169 (2012 г.).

    ОБЪЯВЛЕНИЕ КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Коппола, Н. и др. . Снижение экспрессии микроРНК-125a-5p при гепатоцеллюлярной карциноме человека и активация ее онкогенных мишеней сиртуина-7, матриксной металлопротеиназы-11 и c-Raf. Онкотаргет 8 , 25289–25299 (2017).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Форнер А., Лловет Дж. М. и Брюикс Дж. Гепатоцеллюлярная карцинома. Ланцет 379 , 1245–1255 (2012).

    Артикул пабмед Google ученый

  • Негрини М., Gramantieri, L., Sabbioni, S. & Croce, C.M. Участие микроРНК в гепатоцеллюлярной карциноме. Противораковые агенты Med Chem 11 , 500–521 (2011).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Каллегари, Э., Эламин, Б.К., Саббиони, С., Грамантьери, Л. и Негрини, М. Роль микроРНК в гепатоцеллюлярной карциноме: клиническая перспектива. OncoTargets Ther 6 , 1167–1178 (2013).

    Google ученый

  • Конг Дж. и др. . миР-125/аутоцепь покемонов способствует прогрессированию гепатоцеллюлярной карциномы. Тумор Биол 37 , 511–519 (2016).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Потенца, Н. и др. . МикроРНК-125a-5p является нижестоящим эффектором сорафениба в его антипролиферативной активности в отношении клеток гепатоцеллюлярной карциномы человека. J Cell Physiol 232 , 1907–1913 (2017).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Свенссон, Д. и др. . Ингибирование микроРНК-125a способствует пролиферации и жизнеспособности эндотелиальных клеток человека посредством антиапоптотического механизма. J Vasc Res. 51 , 239–245 (2014).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Лоренцетти, Д. и др. . Трансгенная вставка мышиной хромосомы 17 инактивирует новый ген надсемейства иммуноглобулинов, потенциально участвующий в слиянии сперматозоида и яйцеклетки. Геном маммы 25 , 141–148 (2014).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Chang, T.C., Pertea, M., Lee, S., Salzberg, S.L. & Mendell, J.T. Полногеномная аннотация структур первичных транскриптов микроРНК раскрывает новые регуляторные механизмы. Геном Res 25 , 1401–1409 (2015).

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • де ла Рика, Л. и др. . NF-κB-прямая активация микроРНК с репрессивным действием на специфические для моноцитов гены имеет решающее значение для дифференцировки остеокластов. Геном Биол 16 , 2 (2015).

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Ким С.W. и др. . МикроРНК miR-125a и miR-125b конститутивно активируют путь NF-κB, нацеливаясь на белок 3, индуцированный фактором некроза опухоли альфа (TNFAIP3, A20). Proc Natl Acad Sci USA. 15 , 7865–7870 (2012).

    ОБЪЯВЛЕНИЕ Статья Google ученый

  • Марра, М. и др. . Молекулярные мишени и биомаркеры окислительного стресса при гепатоцеллюлярной карциноме: обзор. Журнал трансляционной медицины 9 , 171 (2011).

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Каралья, М. и др. . Окислительный стресс и фосфорилирование ERK1/2 как предикторы исхода у пациентов с гепатоцеллюлярной карциномой, получавших сорафениб плюс октреотид LAR. Гибель клеток и болезнь 2 , e150 (2011 г.).

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Коломбино, М. и др. . Гены BRAF и PIK3CA соматически мутированы при гепатоцеллюлярной карциноме у пациентов из Южной Италии. Гибель клеток и болезнь 3 , e259 (2012 г.).

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Монк, С. Э., Хатвагнер, Г. и Артур, Дж. С. Регуляция транскрипции микроРНК в макрофагах в ответ на Candida albicans. PLoS Один 27 , e13669 (2010 г.).

    ОБЪЯВЛЕНИЕ Статья Google ученый

  • Коппола, Н. и др. . МикроРНК печени hsa-miR-125a-5p при хронической инфекции ВГВ: корреляция с репликацией ВГВ и прогрессированием заболевания. PLoS Один 8 , e65336 (2013 г.).

    ОБЪЯВЛЕНИЕ КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Russo, A. & Potenza, N. Противовирусные эффекты микроРНК человека и сохранение их сайтов-мишеней. ФЭБС Письмо. 585 , 2551–2555 (2011).

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Парк, С.О., Кумар М. и Гупта С. TGF-β и железо по-разному изменяют репликацию HBV в гепатоцитах человека посредством передачи сигналов TGF-β/BMP и экспрессии клеточных микроРНК. PLoS Один 7 , e39276 (2012 г.).

    ОБЪЯВЛЕНИЕ КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Ван Т. и др. . Аберрантная регуляция петли LIN28A/LIN28B и let-7 в злокачественных опухолях человека и ее влияние на признаки рака. Мол Рак 14 , 125 (2015).

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Ли, Дж., Fang, R., Gong, Q. & Wang, J. miR-99b подавляет экспрессию IGF-1R и способствует ингибированию пролиферации клеток эпидермальных кератиноцитов человека. Биомед Фармакостер 75 , 159–164 (2015).

    Артикул пабмед Google ученый

  • Хо, С. Н., Хант, Х. Д., Хортон, Р. М., Пуллен, Дж. К. и Пиз, Л. Р. Сайт-направленный мутагенез путем удлинения перекрытия с использованием полимеразной цепной реакции. Джин 15 , 51–59 (1989).

    Артикул Google ученый

  • Сальваторе, В., Потенца Н., Папа У., Нобиле В. и Руссо А. Бактериальная экспрессия мыши Argonaute 2 для функциональных и мутационных исследований. Междунар. Дж. Мол. науч. 11 , 745–753 (2010).

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Салиба, Д.Г. и др. . Взаимодействие IRF5:RelA нацелено на воспалительные гены в макрофагах. Представитель ячейки 8 , 1308–1317 (2014).

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Уфкин М.Л. и др. . миР-125a регулирует клеточный цикл, пролиферацию и апоптоз путем нацеливания на путь ErbB при остром миелоидном лейкозе. Лейк Рез 38 , 402–410 (2014).

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • миР-125b-5p повышает чувствительность химиотерапии к цисплатину путем подавления Bcl2 при раке желчного пузыря

    Образцы тканей перенес хирургическую резекцию желчного пузыря и послеоперационную адъювантную химиотерапию в отделении патологии (больница Рэндзи) с января 2004 г.

    по декабрь 2013 г. ретроспективно.Свежие ткани ГБЖ и соседние доброкачественные ткани желчного пузыря также были получены от 82 пациентов с ГБЖ. Все образцы свежих опухолей собирали сразу после хирургического удаления и быстро замораживали в жидком азоте, а затем хранили при температуре -80 °C до тех пор, пока не была извлечена общая РНК. Послеоперационную выживаемость рассчитывали от времени операции до времени последнего наблюдения или смерти. Сбор и анализ образцов пациентов были одобрены Этическим комитетом больницы Ренджи Медицинской школы Шанхайского университета Цзяо Тонг, и от всех пациентов было получено письменное информированное согласие.Все методы и эксперименты проводились в соответствии с утвержденными методиками и регламентами.

    микроматрица микроРНК

    Образцы тотальной РНК добавляли с использованием набора MicroRNA Spike-In Kit (Agilent Technologies) для оценки эффективности мечения и гибридизации. После обработки общей РНК с добавлением щелочной фосфатазы кишечника теленка реакцию мечения инициировали с использованием 100 нг общей РНК на образец. Для мечения дефосфорилированной РНК использовали РНК-лигазу Т4, в состав которой входит цианин-3-цитидинбифосфат (комплект miRNA Complete Labeling and Hyb; Agilent Technologies).Образцы микроРНК, меченные цианином-3, впоследствии готовили для одноцветной гибридизации (миРНК для полной маркировки и набора Hyb). Образцы меченых микроРНК гибридизовали с микрочипом Agilent Human miRNA Microarray 8 ×60 K Release 16.0 (выпуск 16.0, формат 8 × 60 K; Agilent Technologies) в течение 20 часов при 55 °C. После промывки предметных стекол с микрочипов буферами повышенной жесткости (Gene Expression Wash Buffers; Agilent Technologies) предметные стекла сушили ацетонитрилом. Интенсивность флуоресцентного сигнала определяли на сканере Agilent Microarray Scanner (Agilent Technologies) с помощью Scan Control A.8.4.1 Программное обеспечение (Agilent Technologies) и были извлечены из изображений с помощью программного обеспечения Feature Extraction 10.7.3.1 (Agilent Technologies). Все описанные выше шаги были выполнены в соответствии с инструкциями производителя. Необработанные данные микрочипов микроРНК были нормализованы с использованием программного обеспечения GeneSpring GX версии 12.0 (Agilent Technologies). Значения сигналов были преобразованы в логарифмическую базу 10, а затем был применен квантильный и процентильный сдвиг для получения равного распределения интенсивностей зондирующих сигналов.Сравнительный анализ образцов рака желчного пузыря и нормальной контрольной группы проводили с использованием t-критерия (p-значения) и SAM (http://www-stat.stanford.edu/~tibs/SAM/). По сравнению с уровнем экспрессии эталонной РНК микроРНК описывали как дифференциально экспрессированные, если значения p были <0,05, а кратность изменения (FC) была больше 2 или меньше 0,5.

    Культура клеток

    Клетки эмбриональной почки человека 293 (HEK293FT) и две линии клеток GBC человека, NOZ и GBC-SD, содержались в модифицированной Дульбекко среде Игла (DMEM). Другая линия клеток GBC человека SGC-996 поддерживалась в среде RPMI. -1640, все среды содержат 10% фетальной бычьей сыворотки (FBS) и антибиотики (Gibco, Гранд-Айленд, Нью-Йорк, США). Клетки поддерживали при 37 °C во влажной атмосфере, содержащей 5% CO2. NOZ был приобретен в Банке ресурсов для научных исследований в области здравоохранения (Осака, Япония). Клетки GBC-SD и SGC-996 были предоставлены Академией наук о жизни Университета Тунцзи (Шанхай, Китай). Клетки HEK293FT были приобретены у Invitrogen (MD, США) и использованы для амплификации аденовируса. Цисплатин растворяли в диметилсульфоксиде (ДМСО). Клетки GBC обрабатывали цисплатином (40 мкМ в NOZ и 4 мкМ в клетках GBC-SD или SGC-996) или контрольным ДМСО.

    Трансфекция клеток

    Экспрессионную конструкцию miR-125b-5p человека получали путем вставки кодирующей последовательности (CDS) miR-125b-5p в pCDHCMV-MCS-EF1-copGFP (System Biosciences, CA, USA). Рекомбинантные лентивирусы получали путем временной трансфекции клеток HEK293FT вместе с пакетными векторами с использованием липофектамина 2000 (Invitrogen). После трансфекции в течение 48 часов вирусы собирали и определяли их титры. Затем клетки GBC-SD инфицировали лентивирусами в присутствии 4  мкг/мл полибрена (Sigma) с последующей селекцией пуромицином (2  мкг/мл). Вектор экспрессии Bcl2 конструировали путем клонирования кДНК Bcl2 в вектор pcDNA 3.1 (Invitrogen). Клетки NOZ, GBC-SD и SGC-996 трансфицировали экспрессионной плазмидой Bcl2 с использованием реагента для трансфекции Lipofectamine 2000 (Invitrogen) в соответствии с протоколами. Пустой вектор pcDNA3.1 использовали в качестве отрицательного контроля (вектора). Миметик miR-125b-5p, ингибитор miR-125b-5p и миРНК Bcl2 были приобретены у GenePharma (Шанхай, Китай). Клетки культивировали до 60–70% слияния в шестилуночных планшетах, а затем трансфицировали с использованием липофектамина 2000 (Invitrogen).

    Количественный

    ПЦР-анализ в реальном времени Тотальную РНК и микроРНК выделяли из свежих тканей и клеток с использованием реагента TRIzol (Invitrogen) и набора miRNeasy Mini Kit (Qiagen, Hilden, Germany), а микроРНК выделяли из образцов FFPE с использованием набора miRNeasy FFPE (Qiagen) в соответствии с инструкциями производителя. После синтеза кДНК с помощью набора Reverse Transcriptase M-MLV уровни экспрессии miR-125b-5p и Bcl2 анализировали с использованием SYBR Premix Ex Taq (Takara, Shiga, Japan) и анализировали с помощью системы ПЦР в реальном времени Applied Biosystems ViiA™ 7 ( Applied Biosystems, Фостер-Сити, Калифорния). Данные были проанализированы методом 2-ΔΔCT 27 и представлены относительно экспрессии GAPDH для Bcl2 и относительно экспрессии малой ядерной РНК U6 для miR-125b-5p. Последовательности праймеров перечислены в дополнительной таблице 1.

    Анализы цитотоксичности, клеточного апоптоза, клеточной пролиферации Анализ )-5-(3-карбоксиметоксифенил)-2-(4-сульфофенил)-2H-тетразолия (MTS; Promega, Мэдисон, Висконсин, США).Вкратце, клетки высевали (5 × 10

    3 клеток/лунку) на 96-луночные планшеты и инкубировали в течение ночи, чтобы клетки могли прикрепиться. Затем клетки NOZ обрабатывали цисплатином в серии концентраций 1, 2, 4, 8, 16, 32, 64, 128 и 256 мкМ, тогда как клетки GBC-SD и SGC-996 обрабатывали цисплатином в концентрациях 0,125, 0,25, 0,5, 1, 2, 4, 8, 16 и 32 мкМ в течение 24 часов соответственно. Затем в каждую лунку добавляли реагент MTS (20 мкл) с последующей инкубацией при 37 °C во влажной атмосфере с 5% CO2 в течение 2 часов.Наконец, оптическую плотность измеряли при 490 нм с использованием планшет-ридера Synergy 2 (BioTek, VT, USA). Жизнеспособность клеток указывали в процентах по отношению к контролю. Пролиферацию клеток также анализировали с использованием анализа MTS (Promega), когда клетки NOZ, GBC-SD и SGC-996 высевали в 96-луночный планшет (1 × 10 3 клеток/лунку) и культивировали в течение 72 часов. Апоптоз клеточных линий рака желчного пузыря анализировали с использованием набора для обнаружения апоптоза аннексина V/PI (BD Biosciences, Массачусетс, США) в соответствии с инструкциями производителя.Клетки высевали в шестилуночные планшеты и выращивали примерно до 60% слияния с последующей обработкой цисплатином (40 мкМ в NOZ и 4 мкМ в GBC-SD или SGC-996) в течение 48 часов. Клетки собирали и инкубировали с аннексином V/PI в течение 15 минут в темноте с последующим анализом флуоресцентно-активированной сортировки клеток (FACS). Все анализы проводились четыре раза.

    Репортерные векторные конструкции и анализ репортерной двойной люциферазы

    Фрагмент из Bcl2-3′-UTR, содержащий предсказанный сайт связывания miR-125b-5p, амплифицировали с помощью ПЦР, а затем клонировали в pmirGLO Dual-Luciferase miRNA Target Expression Vector (Promega ) для формирования репортерного вектора Bcl2-3′-UTR дикого типа. Предполагаемый сайт связывания miR-125b-5p в Bcl2-3′-UTR был мутирован с использованием набора для направленного мутагенеза от Fast Mutagenesis System (TransGen Biotech, Пекин, Китай), а мутантный репортерный вектор был назван Bcl2. -3′-UTR мутант. Миметик miR-125b-5p и вектор совместно трансфицировали в 3 клетки рака желчного пузыря человека, а репортерную плазмиду люциферазы Renilla (pRL-TK) также совместно трансфицировали в качестве внутреннего стандарта. После трансфекции в течение 48 часов клетки лизировали в пассивном лизирующем буфере, а затем анализировали активность люциферазы светлячка и Renilla с использованием системы анализа репортерного репортера Dual-Luciferase (Promega).Результаты активности люциферазы светлячка нормализовали к активности люциферазы Renilla.

    Вестерн-блот-анализ

    Для выделения белка из клеток NOZ, GBC-SD и SGC-996 использовали буфер RIPA с добавлением смеси ингибиторов протеиназ. Концентрацию белка определяли с помощью анализа BCA. Равные количества клеточных лизатов наносили на 10% додецилсульфат натрия-полиакриламидный гель для электрофореза (SDS-PAGE) и переносили на мембраны PVDF (Millipore, IL, USA). Мембраны блокировали в течение 1 часа при комнатной температуре, используя трис-буферный раствор с 0,05% Tween 20 (TBST) и 5% обезжиренного молока, а затем наносили на ночь при 4°C следующие первичные антитела: анти-Bcl2 (Santa Cruz, Калифорния, США) и анти-β-актин (Sigma). После трехкратной промывки TBST мембраны инкубировали со вторичным антителом при комнатной температуре в течение 2 ч и снова промывали TBST. Изображения белков-мишеней детектировали с помощью набора субстратов хемилюминесценции HRP (Millipore).

    Иммуногистохимия и анализ мечения концов концевой дезоксинуклеотидилтрансферазы dUTP

    Все образцы от пациентов и подкожные ксенотрансплантаты, фиксированные в 10% забуференном формалине, заливали в парафиновые блоки. Последовательные срезы толщиной 4 мкм анализировали с использованием стандартного протокола иммуногистохимии и окрашивали антителами Bcl2 (1:100, Санта-Крус). Клетки с положительным окрашиванием визуализировали с помощью систем DAB и докрашивали гематоксилином. Окрашенные срезы фотографировали и преобразовывали в цифровое изображение с помощью световой микроскопии, оснащенной камерой (Olympus, Токио, Япония).Оценка иммуногистохимии (IHC) основана на интенсивности окрашивания (I) и доле количества окрашенных (q) опухолевых клеток для получения окончательной оценки (Q), определяемой как произведение I × q, и проводилась двумя независимыми патологоанатомы. Система оценки для I была следующей: 0 = отрицательное, 1 = низкое, 2 = умеренное, 3 = интенсивное иммуноокрашивание; а для q было 0 = отрицательных, 1 = 1–9% положительных, 2 = 10–39% положительных, 3 = 40–69% положительных и 4 = 70–100% положительных клеток. Апоптоз клеток срезов ксенотрансплантата также определяли с использованием набора для обнаружения гибели клеток In Situ , POD (Roche, Базель, Швейцария) в соответствии с инструкциями производителя.Срезы визуализировали с помощью DAB и докрашивали гематоксилином. Количество клеток, положительных по мечению концов терминальной дезоксинуклеотидилтрансферазой dUTP (TUNEL), случайным образом подсчитывали в пяти полях, и индекс апоптоза для каждого поля рассчитывали как процент TUNEL-положительных клеток по отношению к общему количеству клеток.

    In vivo исследований

    Содержание животных и экспериментальные процедуры проводились строго в соответствии с рекомендациями Комитета по уходу и использованию животных Шанхайского университета Цзяо Тонг и одобрены комитетом IACUC Шанхайского университета Цзяо Тонг.Всего 1 × 10 6 пустых векторных клеток GBC-SD/pcDNA3.1 miR-125b-5p или GBC-SD/pcDNA3.1 в 60 мкл среды подкожно трансплантировали 4-недельным самцам голых мышей каждой группы. (группа 1, вектор; группа 2, miR-125b-5p; группа 3, вектор + цисплатин; группа 4, miR-125b-5p + цисплатин; n = 6/группа). Когда средний размер опухоли достиг приблизительно 0,1 см 3 , цисплатин вводили внутрибрюшинно в дозе 4 мг/кг на 14-й и 24-й день. В качестве контроля использовали физиологический раствор.Объемы опухолей исследовали с помощью внешнего штангенциркуля один раз в 4 дня и рассчитывали по уравнению: V = (длина × ширина 2 )/2 28 . Всех мышей умерщвляли на 44-й день, а опухоли вырезали для окрашивания гематоксилином и эозином (H&E), окрашивания IHC и окрашивания TUNEL. Все методы и эксперименты проводились в соответствии с утвержденными методиками и регламентами.

    Статистические данные

    Данные выражены как среднее ± SEM. Двухгрупповые сравнения проводили с помощью непарного двустороннего t-критерия Стьюдента.Вероятность выживания определяли с использованием анализа Каплана-Мейера и сравнивали с помощью логарифмического рангового критерия. Каждый эксперимент состоял не менее чем из четырех повторов для каждого условия. Программное обеспечение SPSS 17.0 использовалось для всего статистического анализа. P < 0,05 считалось статистически значимым.

    Произошла ошибка при настройке пользовательского файла cookie

    Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности. Если ваш браузер не принимает файлы cookie, вы не можете просматривать этот сайт.


    Настройка браузера на прием файлов cookie

    Существует множество причин, по которым файл cookie не может быть установлен правильно. Ниже приведены наиболее распространенные причины:

    • В вашем браузере отключены файлы cookie. Вам необходимо сбросить настройки браузера, чтобы принять файлы cookie, или спросить вас, хотите ли вы принимать файлы cookie.
    • Ваш браузер спрашивает, хотите ли вы принимать файлы cookie, и вы отказались. Чтобы принять файлы cookie с этого сайта, нажмите кнопку «Назад» и примите файл cookie.
    • Ваш браузер не поддерживает файлы cookie. Попробуйте другой браузер, если вы подозреваете это.
    • Дата на вашем компьютере в прошлом.Если часы вашего компьютера показывают дату до 1 января 1970 г., браузер автоматически забудет файл cookie. Чтобы это исправить, установите правильное время и дату на своем компьютере.
    • Вы установили приложение, которое отслеживает или блокирует установку файлов cookie. Вы должны отключить приложение при входе в систему или проконсультироваться с системным администратором.

    Почему этому сайту требуются файлы cookie?

    Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности, запоминая, что вы вошли в систему, когда переходите со страницы на страницу.Предоставить доступ без файлов cookie потребует от сайта создания нового сеанса для каждой посещаемой вами страницы, что замедляет работу системы до неприемлемого уровня.


    Что сохраняется в файле cookie?

    Этот сайт не хранит ничего, кроме автоматически сгенерированного идентификатора сеанса в файле cookie; никакая другая информация не фиксируется.

    Как правило, в файле cookie может храниться только та информация, которую вы предоставляете, или выбор, который вы делаете при посещении веб-сайта.Например, сайт не может определить ваше имя электронной почты, если вы не решите ввести его. Разрешение веб-сайту создавать файлы cookie не дает этому или любому другому сайту доступ к остальной части вашего компьютера, и только сайт, создавший файл cookie, может его прочитать.

    Шлютер®-РЕНО-ТК | Наклонные переходы | Для полов | Профили

    Schluter®-RENO-TK предназначен для обеспечения плавного перехода от плиточного покрытия к напольному покрытию на более низких высотах, обычно ковер.

    Профиль доступен из нержавеющей стали, цельной латуни и анодированного алюминия. RENO-TK имеет анкерную ножку с трапециевидной перфорацией, которая крепится к строительному раствору под плиткой, а также наклонную поверхность для предотвращения опасности спотыкания и защиты краев плитки. Канал 1/4 дюйма (6 мм) под наклонным фланцем профиля скрывает и защищает обрезанный край нижнего прилегающего поверхностного покрытия. Все размеры RENO-TK соответствуют Закону об американцах-инвалидах (ADA).

    RENO-TK из анодированного алюминия имеет встроенную прокладку для швов, которая образует определенную полость стыка между плиткой и профилем.

    Анкерная ножка RENO-TK из цельной латуни и анодированного алюминия, размеры от 60 до 100, доступна со специальным радиусом перфорации «R», чтобы профиль можно было использовать для формирования кривых.

    Профиль Schluter®-RENO-TK не требует особого обслуживания или ухода, устойчив к плесени и грибкам.Периодически очищайте профили нейтральными чистящими средствами. Поверхности из нержавеющей стали, подверженные воздействию окружающей среды или агрессивных веществ, следует периодически очищать нейтральным чистящим средством. Регулярная очистка поддерживает аккуратный внешний вид нержавеющей стали и снижает риск коррозии. Избегайте использования сильных кислот (например, соляной или фтористоводородной) и щелочных/щелочных чистящих средств (например, отбеливателя, аммиака, хлоридов). Не используйте абразивные чистящие средства и инструменты. Поверхности из нержавеющей стали приобретают блеск при обработке средством для полировки хрома.Пленки окисления на открытой твердой латуни или алюминии можно удалить обычным полировальным средством, но они образуются снова. В случае анодированного алюминия не используйте абразивные чистящие средства.

    1. Выберите профиль в соответствии с толщиной и форматом плитки.

    2. С помощью зубчатого шпателя нанесите тонкий слой раствора на место, где должен быть установлен профиль.

    3. Вдавите перфорированную анкерную ножку профиля в раствор и выровняйте.

    4. Нанесите затирочный раствор на перфорированную анкерную ножку, чтобы обеспечить полное покрытие и поддержку краев плитки.

    5. Плотно закрепите плитку так, чтобы поверхность плитки находилась на одном уровне с верхом профиля; профиль не должен быть выше облицованной поверхности, а должен быть прибл. 1/32″ (1 мм) ниже.

    6. Установите плитку на встроенную прокладку для швов, которая обеспечивает равномерный шов 1/16″ — 1/8″ (1,5 — 3 мм). Для профилей из нержавеющей стали оставьте пространство примерно 1/16″ — 1/8″ (1.5 — 3 мм).

    7. Полностью заполните шов раствором или фиксирующим материалом.

    8. Удалите остатки затирки или строительного раствора с видимой поверхности профиля.

    кишечный микробиом здоровых японцев и его микробная и функциональная уникальность | Исследование ДНК

    Аннотация

    Микробиом кишечника человека оказывает глубокое влияние на здоровье хозяина в основном за счет вмешательства в различные функции кишечника.Поскольку недавние исследования показали разнообразие микробиома кишечника среди человеческих популяций, будет интересно проанализировать, как микробиом кишечника коррелирует с географическими, культурными и традиционными различиями. Известно, что японцы имеют несколько характерных черт, таких как употребление в пищу разнообразных традиционных продуктов, низкий ИМТ и долгая продолжительность жизни. В этом исследовании мы проанализировали микробиомы кишечника японцев, сравнив метагеномные данные, полученные от 106 японцев, с данными из 11 других стран.Мы обнаружили, что в составе кишечного микробиома японцев больше представителей типа Actinobacteria, в частности рода Bifidobacterium , чем представителей других народов. Что касается микробных функций, функции углеводного обмена были чрезмерно представлены с одновременным снижением функций репликации и восстановления, а также подвижности клеток. Замечательно низкая распространенность генов метаногенеза при значительном истощении археи Methanobrevibacter smithii и обогащении генов ацетогенеза в микробиоме кишечника японцев по сравнению с другими позволяет предположить разницу в пути метаболизма водорода в кишечнике между ними.Таким образом, кажется, что кишечный микробиом японцев значительно отличается от микробиома других популяций, что нельзя просто объяснить одной диетой. Мы постулируем возможное существование до сих пор неизвестных факторов, способствующих разнообразию микробиомов кишечника человека на уровне популяции.

    1. Введение

    Сообщалось о различных когортных исследованиях микробиома кишечника человека, основанных на метагеномном подходе с использованием секвенирования нового поколения (NGS). 1–11 В эти исследования были включены пациенты с такими заболеваниями, как ожирение, 1 воспалительное заболевание кишечника, 2 диабет 2 типа, 3,6 рак толстой кишки, 7,9 цирроз печени, 8 и ревматоидный артрит. артрит, 11 , а также количество здоровых людей в различных странах, включая США, несколько европейских стран и Китай.Кроме того, в нескольких исследованиях сообщалось о кишечных микробиомах азиатских детей и выходцев из сельской местности. 12–16 Эти исследования показывают, что микробиом кишечника человека в большей или меньшей степени зависит от различных факторов, таких как диета и генетический фон хозяина, 17 , а измененный микробиом связан с заболеваниями. 18 Несколько сравнительных анализов также показали большое разнообразие микробиомов кишечника человека на уровне популяции, 5,6,12–16,19 и даже у пациентов с заболеваниями. 6,20 По сути, микробиомы кишечника человека можно разделить на «энтеротипы» на основе различий в численности нескольких основных видов, в значительной степени связанных с пищевыми привычками. 21,22

    Японцы (JP) имеют уникальную диетическую культуру и привычки по сравнению с западными людьми, что отражено в обнаружении того, что их микробиомы кишечника имеют больше генов ферментов, расщепляющих полисахариды, полученных из водных растений, чем у американцев. 23 Кроме того, у японцев самая высокая средняя продолжительность жизни и очень низкий индекс массы тела (ИМТ). 24 Ранее было опубликовано исследование кишечных микробиомов 13 японцев. 25 Однако размер набора данных был слишком мал, чтобы его можно было сравнить с другими большими наборами данных для оценки различных особенностей микробиома кишечника японцев (JPGM). Поэтому в этом исследовании мы собрали и проанализировали метагеномные данные микробиомов кишечника 106 японцев путем секвенирования образцов фекальной ДНК с использованием NGS, а также дополнительно изучили уникальные микробные и функциональные особенности JPGM, используя данные микробиомов в общей сложности 861 человека. здоровых людей, отобранных из 12 стран, включая Японию.

    2. Материалы и методы

    2.1. Субъекты и сбор образцов фекалий

    Сто шесть японских добровольцев [возраст: 32 ± 11 лет, ИМТ: 22 ± 2,7 (среднее значение ± стандартное отклонение) и соотношение мужчин и женщин = 64:42] были набраны Университетом Азабу (Япония) с 2010 по 2013 год (дополнительная таблица S1). ). Это исследование было одобрено Комитетом по этике исследований человека Университета Азабу и Комитетом по этике исследований Токийского университета, и от всех субъектов было получено письменное согласие.Ни один субъект не лечился антибиотиками во время сбора образцов фекалий. Среди них образцы фекалий собирали дважды у 26 человек каждые 8 ​​недель и пять раз у 9 человек каждые 2 недели, из которых 16 человек участвовали в предыдущем исследовании. 26 Всего было собрано 168 образцов фекалий у 106 человек. Собранные свежие фекалии хранили в анаэробных условиях в AneroPack™ (Mitsubishi Gas Chemical Co. Inc., Токио, Япония) при 4°C.В течение 36 ч после отбора фекалии замораживали в 20% растворе глицерина (Wako Pure Chemical Industries, Осака, Япония)/фосфатно-солевого буфера (PBS) (Life Technologies, Токио, Япония) жидким азотом и хранили при температуре -80°C. до готовности к использованию.

    2.2. Извлечение бактерий из образцов фекалий и выделение бактериальной ДНК

    Бактерии и бактериальную ДНК получали, как описано ранее, с небольшими изменениями. 26,27 Вкратце, бактериальную ДНК выделяли методом ферментативного лизиса с использованием лизоцима (Sigma-Aldrich Co.LCC., Токио, Япония) и ахромопептидазы (Wako). Образцы ДНК очищали обработкой РНКазой А (Wako) с последующим осаждением 20% раствором ПЭГ (ПЭГ6000 в 2,5 М NaCl). ДНК осаждали центрифугированием, промывали 75%-ным этанолом и растворяли в ТЕ-буфере.

    2.3. Метагеномное секвенирование фекальной ДНК

    Образцы фекальной ДНК были секвенированы с использованием системы секвенирования 454 GS FLX Titanium и FLX+ (Roche), Ion PGM и Ion Proton (Life Technologies) и MiSeq (Illumina).Подробные протоколы описаны в дополнительном тексте. Вкратце, после качественной фильтрации были удалены чтения, сопоставленные с геномом человека (HG19). Искусственно избыточные чтения из секвенаторов 454 и Ion PGM/Proton были удалены с использованием фильтра повторов. 28 Из ридов, прошедших через фильтр MiSeq, также были удалены риды, сопоставленные с геномами бактериофагов phiX. Статистика секвенирования обобщена в дополнительной таблице S1.

    2.4. Обнаружение методом ПЦР

    Methanobrevibacter smithii у японцев

    Methanobrevibacter smithii был обнаружен с помощью ПЦР с использованием М.smithii Специфичные для гена 16S рРНК праймеры 5′-ATGCACCTCCTCTCAGCTAGTC-3′ и 5′-AGAGGTACTCCCAGGGTAGAGG-3′. Подробности описаны в дополнительном тексте.

    2.5. Общедоступные данные метагеномной последовательности

    Мы собрали данные о метагеномных последовательностях людей из Дании (DK), Испании (ES), США (US), Китая (CN), Швеции (SE), России (RU), Венесуэлы (VE), Малави (MW), Австрия (AT), Франция (FR) и Перу (PE). Метагеномные чтения из популяций DK 2 и ES 2 были загружены с http://public.genomics.org.cn. Прошедшие фильтр чтения из населения США 4 были загружены с HMP DACC (http://www.hmpdacc.org). RAW Reads для DK, 29 ES, 19 CN, 3,8 SE, 6 RU, 5 AT 9 FR, 7 PE, 15 US, 15 и VE 30 были загружены из общедоступных баз данных и подвергнуты контролю качества перед использованием в тех же условиях, что и для данных JP. Чтения SOLiD из RU подвергались исправлению ошибок с использованием инструмента повышения точности SOLiD (SAET), а контроль качества выполнялся, как описано ранее. 5 Необработанные считывания для VE, 14 MW, 14 и US 14 были загружены с MG-RAST (http://metagenomics.anl.gov), а считывания, сопоставленные с геномом человека, были исключены.

    2.6. Наборы метагеномных данных здоровых людей по конкретным странам

    Создать наборы метагеномных данных здоровых людей из каждой страны, данные для людей с ИМТ ≥30; те, которым на основании литературы назначены следующие заболевания: воспалительное заболевание кишечника, диабет 2 типа, цирроз печени или колоректальный рак; и младенцы в возрасте до 3 лет были исключены из данных, собранных в общей сложности от 1734 человек из 12 стран.Исключение образцов пациентов и младенцев должно было избежать включения измененных кишечных микробиомов, значительно отличающихся от здоровых взрослых кишечных микробиомов. 14,18 Хотя мы не смогли получить доступ к метаданным для лиц из США, 4 мы использовали все данные лиц со средним ИМТ 24 ± 4 (среднее значение ± стандартное отклонение) для этой когорты. Наконец, мы выбрали и использовали для анализа в общей сложности 861 здорового человека из 12 стран (дополнительная таблица S2).

    2.7. Конструирование микробных эталонных геномов

    Чтобы повысить эффективность и точность таксономического отнесения метагеномных последовательностей и уменьшить избыточную вычислительную нагрузку, мы создали и использовали собственную разработанную базу данных эталонных геномов из 2 788 полных и 22 317 черновых геномов, доступных в GenBank/EBI/DDBJ (по состоянию на июль 2014 г.), 20 геномов, 31 и 2 неопубликованных генома. База данных эталонных геномов включает в общей сложности 6 149 геномов, представляющих 2 373 кластера на уровне видов бактерий и архей (дополнительная таблица S3).Подробные процедуры описаны в дополнительном тексте.

    2.8. Сопоставление метагеномных прочтений с эталонными геномами

    Один миллион метагеномных прочтений на человека был сопоставлен с эталонными геномами с использованием Bowtie2 32 (версия 2.2.1) с порогом идентичности 95%. Количество многократных прочтений, сопоставленных с несколькими разными геномами с одинаковыми показателями, было нормализовано пропорцией к количеству прочтений, однозначно сопоставленных с геномами.Относительную распространенность каждого генома рассчитывали путем нормализации количества прочтений, сопоставленных с геномом, по общему количеству прочтений, нанесенных на карту. Информация о таксономии NCBI использовалась для таксономического определения типа, рода и вида для каждого генома. Геномы, которым не был присвоен определенный таксономический ранг, были отнесены к классификации более высокого ранга и обозначены как «неклассифицированный более высокий ранг». Подробные процедуры описаны в дополнительном тексте.

    2.9. Сравнение микробных композиций

    График многомерного масштабирования (MDS) был построен с использованием расхождения Дженсена-Шеннона между микробным составом на уровне рода 861 особи. Иерархическая кластеризация проводилась методом Уорда на основе расстояний Брея-Кертиса. Модель для прогнозирования каждой страны на основе микробного состава на уровне рода была построена с использованием пакета randomForest в R. Прогностическая сила модели оценивалась с помощью 10-кратной перекрестной проверки с 90% обучающих данных и 10% данные предсказания.Количество деревьев было установлено равным 500, а параметр размера выборки был установлен на минимальное количество особей среди стран. Кривая рабочих характеристик приемника (ROC) и площадь под кривыми ROC (AUC) прогностической модели были рассчитаны и построены с помощью гладкой функции с использованием пакетов ROCR и pROC. Коэффициенты корреляции Пирсона (КПК) 6 использовались для оценки сходства между микробным составом отдельных лиц внутри стран и между ними.

    Для оценки влияния методологий метагеномного анализа три различных подмножества образцов фекалий были подвергнуты анализу с использованием различных протоколов на стадиях секвенирования, подготовки ДНК и хранения образцов фекалий соответственно.Подробные процедуры описаны в дополнительном тексте. Протоколы, использованные в настоящем и других исследованиях, также обобщены в дополнительной таблице S4.

    Пермутационный многофакторный дисперсионный анализ (PERMANOVA) был использован для оценки связи возраста и ИМТ со структурой кишечного микробиома с использованием функции горицвета в веганском пакете в R. Информация о рационе питания в 12 странах была собрана из продуктов питания и База данных корпоративной статистики сельскохозяйственной организации (FAOSTAT) (http://faostat3.fao.org/home/, по состоянию на июнь 2015 г.). Подробная информация о пищевых продуктах описана в дополнительном тексте.

    2.10. Сборка метагеномных последовательностей и предсказание генов в JPGM

    Для каждого индивидуума JP прошедшие фильтрацию чтения, полученные из 454 GS и Ion PGM/Proton, а также из MiSeq, были собраны с использованием ассемблера Newbler (версия 2.7) соответственно. Сгенерированные контиги были дополнительно собраны с помощью Minimus2 33 с использованием настроек по умолчанию для каждого человека.Несобранные риды (синглетоны) из каждого секвенатора у всех индивидуумов объединяли и повторно собирали для получения дополнительных контигов, образованных между разными образцами. MetaGeneAnnotator 34 использовали для предсказания кодирующих белок генов (≥100 п.н.) в контигах (≥500 п.н.) и одиночных элементах (≥300 п.н.). Наконец, в JPGM было идентифицировано около 4,9 миллиона (M) неизбыточных генов путем дальнейшей кластеризации предсказанных генов с использованием CD-HIT 35 с 95% нуклеотидной идентичностью и 90% отсечением длины.

    2.11. Создание JPGM и интегрированного каталога генов, объединенного эталонного набора генов кишечных микробиомов человека

    Интегрированный каталог генов (IGC), 19 , который был создан на основе метагеномных данных более 1000 кишечных микробиомов из Дании, Канады, США и Китая, был загружен с http://meta.genomics.cn/metagene/meta/home. . Объединенный эталонный набор генов был сконструирован путем кластеризации неизбыточных генов JPGM (4,9 млн) и неизбыточных генов (9,9 млн) в IGC с использованием CD-HIT с 95% нуклеотидной идентичностью и 90% отсечкой длины. .

    2.12. Функциональное назначение неповторяющихся генов в микробиомах кишечника человека

    Функциональное назначение неизбыточных генов было выполнено с использованием поиска BLASTP ( e -значение ≤1,0e-5) в базе данных Киотской энциклопедии генов и геномов (KEGG) (версия 63) для получения ортологий KEGG (KO). . Гены с лучшим совпадением с генами эукариот были исключены из дальнейшего анализа. Кроме того, неизбыточные гены искали с использованием BLASTP ( e -значение ≤1.0e-5) по базе данных eggNOG 36 (версия 4.5), чтобы отнести их к неконтролируемым ортологическим группам (NOG). Таксономическое отнесение генов, отнесенных к NOG, на уровне типа было проведено с помощью поиска BLASTN по эталонным геномам с идентичностью ≥65% и отсечением охвата длины ≥85%.

    2.13. Количественная оценка аннотированных генов в микробиомах кишечника человека

    Один миллион метагеномных прочтений на человека был картирован в наборе объединенных эталонных генов JPGM и IGC с использованием Bowtie2 с порогом идентичности 95%.Для корректировки условий картирования длинных прочтений (например, 454 прочтений FLX+ со средней длиной прочтений 730 п.н.) с короткими эталонными генами со средней длиной 620 п.н. чтения >100 п.н. были разделены на фрагменты по 100 п.н., которые использовались независимо для поиска сходства, в то время как фрагменты <50 п.н. были отброшены. Количество прочтений, которые одинаково картировались более чем с одним геном, нормализовали долей количества прочтений, однозначно сопоставленных с генами, как это было проведено для анализа картирования эталонных геномов.Количества КО были рассчитаны по количеству сопоставленных с ними прочтений. Сначала мы сравнили относительную распространенность КО между 104 особями JP и 757 особями в других 11 странах, используя критерий Стьюдента t для подсчета обогащенных и истощенных КО со статистической значимостью (с поправкой P <0,01) в JPGM. . Из них были выявлены те, у которых была самая высокая и самая низкая относительная численность среди 12 стран. P -значения были скорректированы для многократного тестирования с использованием метода Бенджамини-Хогберга.

    3. Результаты

    3.1. Разнообразие микробиома кишечника человека на уровне популяции

    Мы получили приблизительно 350 Гб пропущенных через фильтр метагеномных прочтений со средним значением 3,4 ± 1,9 Гб (среднее значение ± стандартное отклонение) на человека путем секвенирования образцов фекальной ДНК от 106 человек JP с использованием секвенаторов 454 GS, Ion PGM/Proton или MiSeq ( Дополнительная таблица S1). Чтобы оценить микробный состав JPGM, мы сопоставили метагеномные чтения с эталонными геномами.Относительная численность четырех доминирующих типов составляла 59,7 ± 14,7% для Firmicutes, 21,8 ± 16,3% для Actinobacteria, 16,7 ± 10,4% для Bacteroidetes и 1,4 ± 1,6% для Proteobacteria. На уровне рода Bifidobacterium был наиболее доминирующим видом, на долю которого приходилось 17,9 ± 15,2%. Результаты таксономического присвоения также представлены на дополнительном рисунке S1.

    Затем мы собрали метагеномные данные из 11 других стран, чтобы охарактеризовать JPGM и изучить различия в микробиомах кишечника человека на уровне популяций среди 12 стран.Независимые когортные данные были объединены по странам для создания наборов метагеномных данных о здоровых людях для конкретных стран, из которых были исключены данные для лиц с ИМТ ≥30, лиц, страдающих известными заболеваниями, или детей младше 3 лет. Эти наборы данных по конкретной стране, содержащие данные в общей сложности о 861 здоровом человеке, включая 104 человека JP, были использованы для дальнейшего анализа (дополнительная таблица S2).

    Мы получили микробный состав 861 человека из 12 стран, используя те же условия, что и для JPGM (дополнительный рис.С2). График MDS микробного состава 861 человека показал, что они имеют тенденцию группироваться вместе в каждой стране (рис. 1A). Тест перестановки подтвердил значительно более высокое сходство микробного состава между людьми в одной стране, чем между людьми из разных стран (рис. 1B). Чтобы проверить, может ли микробный состав предсказать страну происхождения человека, мы использовали анализ случайного леса 6,14 , чтобы построить прогностическую модель для стран, кроме VE и MW, для которых количество выборок было слишком маленьким для анализа.Результат показал, что AUC варьировались от 0,82 до почти 1,00 для каждой страны (рис. 1C), что свидетельствует о высокой прогностической точности модели. В совокупности эти данные убедительно свидетельствуют о том, что состав микробиома кишечника человека значительно различается в 12 странах.

    Рисунок 1.

    Разнообразие кишечных микробиомов человека на уровне населения в 12 странах. (A) График микробного состава MDS для всех людей. Каждый кружок представляет индивидуальный микробный состав, а каждый цвет представляет страну происхождения.Положение, основанное на среднем микробном составе для каждой страны, отображается сокращенным названием страны. (B) Сравнение коэффициентов корреляции Пирсона микробного состава у людей в стране и между разными странами. Прямоугольники представляют межквартильный размах (IQR), а линии внутри показывают медиану. Усы обозначают самые низкие и самые высокие значения в пределах 1,5-кратного IQR. Звездочка представляет P < 0,05. (C) Кривые ROC и значения AUC из модели randomForest.Цифры в скобках представляют значения AUC для 10 стран.

    Рисунок 1.

    Разнообразие кишечных микробиомов человека на уровне популяции в 12 странах. (A) График микробного состава MDS для всех людей. Каждый кружок представляет индивидуальный микробный состав, а каждый цвет представляет страну происхождения. Положение, основанное на среднем микробном составе для каждой страны, отображается сокращенным названием страны. (B) Сравнение коэффициентов корреляции Пирсона микробного состава у людей в стране и между разными странами.Прямоугольники представляют межквартильный размах (IQR), а линии внутри показывают медиану. Усы обозначают самые низкие и самые высокие значения в пределах 1,5-кратного IQR. Звездочка представляет P < 0,05. (C) Кривые ROC и значения AUC из модели randomForest. Цифры в скобках представляют значения AUC для 10 стран.

    Чтобы изучить влияние различных протоколов, используемых в настоящем и других исследованиях, на наблюдаемые различия в микробном составе (дополнительная таблица S4), мы сравнили и оценили изменения в микробном составе, оцененные с помощью трех разных секвенаторов NGS, четырех различных экстракций ДНК. методы, включая два метода ферментативного лизиса и два коммерчески доступных набора, основанных на механическом разрушении клеток, и четыре различных условия хранения образцов фекалий (дополнительная таблица S5).Что касается условий хранения образцов фекалий, мы сосредоточились на оценке различий во времени хранения от дефекации до замораживания образцов фекалий, поскольку считалось, что они различаются в разных исследованиях. Результаты показали, что PCC между микробными составами из разных протоколов были высокими (от 0,88 до 1,00) в любой паре сравнений между ними и значительно выше, чем у отдельных лиц внутри стран и между ними (дополнительные рисунки S3 и S4). Эти данные показали, что методологические различия не оказали существенного влияния на наблюдаемые вариации среди микробиомов кишечника человека.

    Иерархическая кластеризация 12 стран на основе среднего микробного состава на уровне рода показала, что JPGM больше похож на микробиомы AT и SE, чем на CN, в то время как микробиомы CN и US наиболее тесно связаны, но далеки от JPGM среди 12 стран (дополнительный рисунок S5). Эти результаты показали, что этническая и географическая близость хозяина не оказывает большого влияния на общий микробный состав микробиома кишечника человека. Мы также оценили вклад различий в возрасте и ИМТ в различия в микробной численности с помощью PERMANOVA.Коэффициент детерминации вариации ( R 2 ) по возрасту и ИМТ составил 0,16 ( P -значение = 0,14) и 0,2 ( P -значение = 0,07) соответственно, что указывает на отсутствие влияния обоих факторов. также большое влияние на наблюдаемые результаты.

    Мы дополнительно изучили связь с диетой, поскольку известно, что она является основным фактором, влияющим на микробный состав. 22,37 Мы обратились к базе данных FAOSTAT, чтобы собрать данные о потреблении пищи (г на душу населения в день) для 119 продуктов питания.Кластерный анализ 12 стран, основанный на уровнях трех основных питательных веществ (углеводов, белков и липидов) и девяти категорий продуктов питания (дополнительный рисунок S6), отделил большинство западных стран от других стран Азии, Южной Америки и Африки ( Дополнительный рис. S7). Это указывает на то, что данные FAOSTAT должным образом отражают текущее разнообразие пищевых привычек в 12 странах, что позволяет использовать их в анализе ассоциации с микробным разнообразием. Сравнение с дендрограммой 12 стран на основе микробного состава (дополнительный рис.S5) выявил ряд несоответствий в отношениях между странами. Например, CN имела тесные отношения с MW и PE из-за высокой схожести диетического компонента с высоким содержанием зерна/бобов и низким уровнем продуктов животного происхождения, в то время как она имела более тесные отношения с некоторыми западными странами, такими как США, Дания и ЕС с более высокое содержание Bacteroides , чем MW и PE в микробном составе. Кроме того, SE, FR и AT были членами западной группы по диетическому компоненту, тогда как по микробному составу они были ближе к Японии, чем к другим западным странам.Таким образом, разнообразие микробиома кишечника человека на уровне популяции не может зависеть только от диеты.

    3.2. Микробная характеристика микробиома кишечника японцев

    Мы идентифицировали 425 родов и 21 тип бактерий и архей в кишечных микробиомах 861 человека. Роды со средней относительной численностью ≥0,5% в 12 странах перечислены в дополнительной таблице S6. При сравнении обилия бактериальных типов JPGM показал самое высокое обилие актинобактерий.Напротив, количество Bacteroidetes и Proteobacteria в JPGM было значительно ниже, чем в микробиомах различных других стран (рис. 2A). На уровне рода JPGM характеризовался самым высоким содержанием Bidfidobacterium , Blautia , Collinsella , Streptococcus , Streptococcus , strepttococcus, но самый низкий изобилие Clostridium , Alistipes , неклассифицированные фирмы, Dialister и Butyrivibrio среди 12 стран (рис.2Б).

    Рисунок 2.

    Таксономическое сравнение кишечных микробиомов населения из 12 стран. Показана относительная численность четырех доминирующих типов (A), пяти родов, наиболее обогащенных и обедненных в JPGM (B), и M. smithii (C) в 12 странах. Вертикальные оси представляют собой относительную численность видов, рассчитанную по количеству картированных прочтений эталонных геномов.

    Рисунок 2.

    Таксономическое сравнение кишечных микробиомов населения из 12 стран.Показана относительная численность четырех доминирующих типов (A), пяти родов, наиболее обогащенных и обедненных в JPGM (B), и M. smithii (C) в 12 странах. Вертикальные оси представляют собой относительную численность видов, рассчитанную по количеству картированных прочтений эталонных геномов.

    Еще одной характерной особенностью JPGM было то, что среди 12 стран она имеет самую низкую частоту встречаемости M. smithii , метаногенного архея (рис. 2C). Анализ метагеномного картирования показал, что этот вид обнаружен только у восьми (7.7%) особей JP, в то время как в других странах он был обнаружен у 39–100% особей (относительная численность ≥0,0001%, дополнительный рис. S8a). Самая низкая распространенность этого археона в когорте JP также была подтверждена с помощью ПЦР с использованием видоспецифичных праймеров 16S. Данные показали, что M. smithii не были обнаружены у 97 (92%) из 106 особей JP как при метагеномном картировании, так и при ПЦР-анализе, из которых 5 были положительными в обоих анализах, 3 были положительными только в анализе картирования, и 1 был положительным только в ПЦР-анализе (дополнительная рис.С8б).

    3.3. Количество генов в кишечных микробиомах японцев 91 353

    Мы выполнили de novo сборку пропущенных через фильтр метагеномных прочтений от особей JP, используя Newbler индивидуально для создания 13 Гб контигов ≥500 п.н. и 0,6 Гб синглетонов ≥300 п.н., в которых приблизительно 23 М генов были предсказано с помощью MetaGeneAnnotator. Путем дальнейшей кластеризации 23 М генов с использованием CD-HIT мы наконец получили 4 854 719 неперекрывающихся генов в JPGM.Анализ разрежения количества неповторяющихся генов по сравнению с числом секвенированных индивидуумов показал, что гены, общие для ≥1,9% (2/106) индивидуумов JP, были почти постоянными примерно у 100 индивидуумов, в то время как гены, уникальные для индивидуума (≤ 1%) увеличилось даже за пределами 100 человек (дополнительный рис. S9a). Количество генов, общих для ≥1,9% (2/106) у особей JP, составляет около 3,8 млн, что составляет 98,8% от общего числа прочтений, сопоставленных с неповторяющимися генами.Эти результаты позволяют предположить, что неизбыточный набор генов JPGM покрывает большую часть генов, кодируемых JPGM. Напротив, ≥50% людей JP обычно обладали генами 0,19 M (4,0%), которые можно считать основными генами JPGM (дополнительный рисунок S9b).

    3.4. Сравнение наборов генов JPGM и IGC

    Мы сравнили набор генов JPGM с набором генов IGC. 19 В результате кластеризации генов JPGM (4,9 млн) и IGC (9,9 млн) было получено в общей сложности 11 929 034 неизбыточных гена, из которых 585 856 генов и 202 410 генов были исключены путем слияния с более длинными аутентичными генами в любом из наборов данных. .В результате 4 268 863 и 9 676 237 неизбыточных генов составили наборы генов JPGM и IGC соответственно. Данные показали, что примерно 2,0 млн генов были общими для обоих наборов генов, а 2,3 и 7,7 млн ​​генов были уникальными для JPGM и IGC соответственно (дополнительный рисунок S10a). Это ограниченное перекрытие между наборами генов JPGM и IGC было подтверждено анализом картирования метагеномных прочтений, в котором 45,6% метагеномных прочтений JPGM были сопоставлены с набором генов IGC, а 80,0% были сопоставлены с набором генов JPGM (дополнительная рис. .С10б).

    Затем мы аннотировали функции генов с помощью базы данных KEGG. Анализ выявил 5 789 КО в JPGM и в общей сложности 6 205 КО из обоих наборов генов, из которых 5 613 КО (90%) были общими для обоих наборов данных, что демонстрирует значительное сходство функциональных профилей в популяциях, несмотря на небольшое совпадение в наборах генов. последовательности генов. Было отмечено, что уникальные для IGC 416 KO включают несколько генов, связанных с метаболизмом метана архей, в то время как уникальные для JPGM 176 KO включают больше генов для образования спор, чем уникальные для IGC KO (дополнительные таблицы S7 и S8).

    3.5. Количественная оценка функциональных профилей кишечных микробиомов человека

    Чтобы изучить функции, которые обогащены или истощены в JPGM по сравнению с микробиомами из 11 других стран, мы сопоставили метагеномные чтения 861 человека с объединенным набором генов JPGM и IGC. Сравнивая количество картированных прочтений, мы определили 563 и 521 КО, имеющие самую высокую и самую низкую распространенность в JPGM среди 12 стран со статистической значимостью (рис.3). Перепредставленные KO включали функции углеводного обмена, такие как глюкан 1,3-β-глюкозидаза (K01210), 6-фосфо-β-галактозидаза (K01220) и глюкокиназа (K00851), а также мембранный транспорт, такой как фосфотрансферазная система простых сахара, включая маннозу, лактозу и N -ацетилгалактозамин (K02796, K02787 и K02746). Таким образом, метаболические пути простых сахаров, таких как моно- и олигосахариды, были значительно расширены в JPGM по сравнению с другими наборами данных.С другой стороны, истощенные KO включали такие функции, как подвижность клеток, включая белок хемотаксиса CheX (K03409) и жгутиковый белок FliO/FilZ (K02418), репликацию и репарацию, включая белок репарации несоответствия ДНК MutL (K03572) и ДНК-аденинметилазу (K06223). , предполагая истощение функций, связанных с иммунитетом хозяина и повреждением ДНК в JPGM. Многие истощенные КО, участвующие в энергетическом метаболизме и трансляции, произошли от архей.

    Рис 3.

    Расширенные и истощенные функции в JPGM. Показаны функциональные категории наиболее обогащенных и обедненных КО в JPGM по сравнению с другими 11 странами. Вертикальная ось представляет долю нокаутов, отнесенных к категории. Звездочками указаны скорректированные P < 0,01 (точный критерий Фишера).

    Рисунок 3.

    Расширенные и истощенные функции в JPGM. Показаны функциональные категории наиболее обогащенных и обедненных КО в JPGM по сравнению с другими 11 странами.Вертикальная ось представляет долю нокаутов, отнесенных к категории. Звездочками указаны скорректированные P < 0,01 (точный критерий Фишера).

    В соответствии с самой низкой распространенностью M. smithii в когорте JP многие из KOs, вовлеченных в метаногенез, были истощены в JPGM. Из 25 известных КО, участвующих в метаногенезе, 18 были значительно истощены в JPGM с самой низкой численностью среди 12 стран (рис. 4 и дополнительная рис. S11). И наоборот, мы обнаружили значительное обогащение множественными KO, участвующими в ацетогенезе (путь Вуда-Льюнгдала) в JPGM.Из 17 известных КО, участвующих в ацетогенезе, 13 были значительно обогащены JPGM по сравнению с другими 11 странами, а 5 из них имели самую высокую распространенность среди 12 стран (рис. 4 и дополнительная рис. S11). Эти два пути используют водород для производства метана и ацетата соответственно. Кроме того, количество пяти генов, которые, как известно, участвуют в диссимилирующей сульфатредукции (DSR), которая является третьим путем метаболизма водорода, было сходным между JPGM и другими кишечными микробиомами (рис.4). Эти результаты показали, что JPGM имеет четкую обратную зависимость количества КО между метаногенезом и ацетогенезом по сравнению со всеми другими микробиомами, что свидетельствует о заметной разнице в путях утилизации водорода в кишечнике между японцами и другими популяциями.

    Рисунок 4.

    Обогащенные и обедненные гены в ацетогенезе, метаногенезе и диссимиляционной сульфатредукции в JPGM. Показаны относительные количества KO, участвующих в путях метаболизма водорода при ацетогенезе, метаногенезе и диссимиляционной сульфатредукции среди 12 стран.Звездочками отмечены скорректированные значения P < 0,01 по сравнению с численностью в других 11 странах (критерий Стьюдента t ).

    Рисунок 4.

    Обогащенные и обедненные гены ацетогенеза, метаногенеза и диссимиляционной сульфатредукции в JPGM. Показаны относительные количества KO, участвующих в путях метаболизма водорода при ацетогенезе, метаногенезе и диссимиляционной сульфатредукции среди 12 стран. Звездочками указаны скорректированные P < 0.01 по сравнению с численностью других 11 стран (тест Стьюдента t ).

    3.6. Семейства генов обогатились в японской популяции

    Мы всесторонне исследовали семейства генов, которые часто присутствуют в когорте JP, с помощью базы данных eggNOG, которая включает больше скомпилированных семейств генов, чем база данных KEGG. Аннотация объединенных неизбыточных генов JPGM и IGC дала 51 250 NOG. В этом анализе мы использовали 10 млн метагеномных прочтений на человека для выявления низкого содержания NOG, поэтому 60 человек, имеющих <10 млн прочтений, включая всех людей из MW и VE, были исключены из этого анализа.

    Мы сопоставили 10 млн прочтений от 801 индивидуума с объединенными неповторяющимися генами для обнаружения NOG у индивидуума. Для этих NOG мы сравнили долю людей, обладающих ими, в когорте JP и со средней долей людей в девяти других странах (рис. 5). Результаты выявили 52 NOG, содержащих в общей сложности 1114 генов, которые были обнаружены в значительно более высоких пропорциях в когорте JP, чем в 9 других наборах данных с использованием порога доли> 70% в когорте JP, средняя доля <30%. в других странах и соотношение JP/других ≥3 (дополнительная таблица S11).Из 1114 генов 63% были таксономически отнесены к известным типам. Среди 52 NOG 30 (58%), 8 (15%) и 5 ​​NOG (10%) были отнесены только к Actinobacteria, Bacteroidetes и Firmicutes соответственно, а 9 других NOG были распределены более чем по двум типам. Дополнительный рис. S12a). Высокая доля Actinobacteria может отражать самую высокую численность этого типа в когорте JP среди 12 стран. Среди восьми NOG, отнесенных к Bacteroidetes, были представлены три NOG (ENOG4108ZIS, ENOG4108MQB и ENOG4105WVE), которые были обнаружены примерно у 90% особей JP и примерно у 15% других популяций с самым высоким соотношением JP/другие. генами ферментов, расщепляющих полисахариды, происходящих из водных растений, таких как β-порфираназа (семейство гидролаз 16) и β-агараза, опубликованных ранее. 23,38 Функциональное распределение 52 NOG показало, что 35% имели неизвестную функцию, и никакая конкретная функция не была обогащена (дополнительная рис. S12b).

    Рисунок 5.

    Сравнение распространенности семейств генов NOG между JP и другими девятью популяциями. Частота NOG у лиц JP сопоставлена ​​с таковой в других девяти странах. Каждый кружок представляет NOG. Вертикальная ось представляет частоту NOG, обнаруженных у лиц JP.Горизонтальная ось представляет среднюю частоту NOG, обнаруженных у людей из девяти стран. Пятьдесят два NOG, значительно более распространенные в когорте JP по сравнению с другими (JP>0,7, другие <0,3 и JP/другие ≥3), окрашены в синий цвет. Три NOG (ENOG4108MQB, ENOG4108ZIS и ENOG4105WVE) были показаны красным цветом.

    Рисунок 5.

    Сравнение распространенности семейств генов NOG между JP и другими девятью популяциями. Частота NOG у лиц JP сопоставлена ​​с таковой в других девяти странах.Каждый кружок представляет NOG. Вертикальная ось представляет частоту NOG, обнаруженных у лиц JP. Горизонтальная ось представляет среднюю частоту NOG, обнаруженных у людей из девяти стран. Пятьдесят два NOG, значительно более распространенные в когорте JP по сравнению с другими (JP>0,7, другие <0,3 и JP/другие ≥3), окрашены в синий цвет. Три NOG (ENOG4108MQB, ENOG4108ZIS и ENOG4105WVE) были показаны красным цветом.

    4.Обсуждение

    В этом исследовании мы проанализировали метагеномные данные 861 здорового человека из 12 стран. Сравнительный анализ высококачественных наборов метагеномных данных выявил значительное разнообразие микробиома кишечника человека на уровне популяции в 12 странах. Точность и надежность этого вывода подтверждается использованием более крупного набора данных, включающего большее количество популяций, чем те, которые были проанализированы в предыдущих исследованиях, и статистической оценкой, указывающей на отсутствие значительного влияния различий в экспериментальных протоколах, ИМТ и возрасте на наблюдаемые результаты.Таким образом, мы предоставили доказательства больших различий в структуре и функции кишечных микробиомов здоровых взрослых людей на уровне популяции.

    Настоящее исследование также выявило различные особенности, характерные для JPGM. JPGM показал самую высокую численность филума Actinobacteria среди микробиомов 12 стран, в основном из-за самой высокой численности рода Bifidobacterium . Высокая численность Bifidobacterium также наблюдалась в микробиоме кишечника японских детей на основании анализа гена 16S рРНК, 12 , что указывает на то, что она широко распространена среди населения Японии. Bifidobacterium считается полезным микробом, имеющим больше гликозидгидролаз для разложения крахмала, чем другие кишечные микробы. 39,40 Таким образом, высокое содержание Bifidobacterium можно считать следствием поступления различных сахаридов в традиционные и уникальные японские продукты. Однако в настоящее время точно неизвестно, какие продукты или питательные вещества, уникальные для японцев, способствуют высокой численности Bifidobacterium .

    Кроме того, JPGM характеризовался различными уникальными функциональными особенностями. Например, высокая способность углеводного метаболизма в JPGM может привести к образованию высоких уровней жирных кислот с короткой цепью и водорода в качестве конечных продуктов, оба из которых кажутся клинически полезными. 41,42 Одновременно мы обнаружили истощение вредных функций, таких как клеточная подвижность, репликация и репарация, что свидетельствует о низкой численности жгутиковых микробов, что приводит к снижению провоспалительных реакций клеток-хозяев и уменьшению повреждений ДНК, подлежащих репарации в кишки японца.Вместе такая кишечная экосистема функционально может быть связана с самой высокой средней продолжительностью жизни японцев в мире.

    Заметное истощение археона M. smithii также было характерно для JPGM, что привело к общему истощению генов метаногенеза. Напротив, гены ацетогенеза, которые кодируются исключительно анаэробными ацетогенами, такими как основные виды Blautia , 43 , были обогащены JPGM по сравнению с другими кишечными микробиомами.И метаногенез, и ацетогенез считаются критическими путями потребления водорода в кишечнике, поскольку эти пути тесно связаны с анаэробной ферментацией углеводов с образованием водорода. 44 Наши результаты показывают, что ацетогенез является предпочтительным путем метаболизма водорода в JPGM, в то время как метаногенез более активно используется для метаболизма водорода во многих других кишечных микробиомах. В связи с этим, поскольку обилие кишечных M.smithii положительно связана с уровнем метана в выдыхаемом воздухе, 45 наши данные убедительно свидетельствуют о том, что M. smithii является основным фактором этнических различий в уровне метана в дыхании человека, о которых сообщалось ранее. 46,47

    Наконец, сходства и различия в микробном составе кишечного микробиома в 12 странах нельзя просто объяснить диетой, хотя в нескольких работах высказывается предположение о ее большом вкладе в формирование кишечного микробиома. 13,14,22 Наши результаты предполагают существование факторов в дополнение к диете или помимо нее, которые влияют на микробиом кишечника человека, но необходимы дальнейшие исследования, чтобы решить эту загадочную разницу.

    Доступность данных

    Все бактериальные метагеномные последовательности были депонированы в DDBJ под регистрационным номером PRJDB3601. Информация была обобщена в дополнительной таблице S12.

    Финансирование

    Это исследование было частично поддержано субсидией для стипендиатов JSPS (267812) С.N., глобальный проект COE «Большой взрыв информации о геноме» от Министерства образования, культуры, спорта, науки и технологий (MEXT) Японии для M.H. и К.О., грант на исследовательский проект от Университета Азабу для Х.М. и грант программы основных исследований эволюционной науки и технологий (CREST) ​​Японского агентства по науке и технологиям (JST) для К.О. Финансирование оплаты публикации в открытом доступе для этой статьи было предоставлено административным грантом Токийского университета.

    Благодарности

    Мы благодарим докторов Т. Ито и Ф. Миуру (Университет Кюсю) за секвенирование, доктора М. Умэдзаки (Токийский университет) за поддержку анализа данных о питании и докторов К. Таканаши, Э. Ииока, М. Такаги, С. Синдо, К. Комия, Р. Курокава, Н. Ямасита, Ю. Хаттори, Э. Омори, Х. Куроянаги, Ю. Такаяма и Х. Мацумото (Токийский университет), Ю. Ногучи и А. Накано ( Университет Азабу) за техническую поддержку. Суперкомпьютерный ресурс предоставил Центр генома человека (Токийский университет).

    Каталожные номера

    1

    Тернбо

    П.Дж.

    ,

    Хамади

    М.

    ,

    Яцуненко

    Т.

    и др. .

    2009

    ,

    Основной микробиом кишечника у тучных и худых близнецов

    ,

    Природа

    ,

    457

    ,

    480

    4

    .2

    Цинь

    Дж.

    ,

    Li

    R.

    ,

    Raes

    J.

    и др. .

    2010

    ,

    Каталог микробных генов кишечника человека, составленный путем метагеномного секвенирования

    Цинь

    Дж.

    ,

    Li

    Y.

    ,

    Cai

    Z.

    и др..

    2012

    ,

    Метагеномное ассоциативное исследование кишечной микробиоты при диабете 2 типа

    2012

    ,

    Структура, функции и разнообразие микробиома здорового человека

    ,

    Природа

    ,

    486

    ,

    207

    14

    .5

    Тяхт

    А.В.

    ,

    Костюкова

    Е.С.

    ,

    Попенко

    А.С.

    и др. .

    2013

    ,

    Структура сообщества микробиоты кишечника человека городского и сельского населения России

    ,

    Нац. коммун.

    ,

    4

    ,

    2469

    .6

    Карлссон

    FH

    ,

    Тремароли

    В.

    ,

    Ноокаев

    И.

    и др. .

    2013

    ,

    Метагеном кишечника у европейских женщин с нормальным, нарушенным и диабетическим контролем глюкозы

    Целлер

    Г.

    ,

    Tap

    J.

    ,

    Voigt

    A.Y.

    и др. .

    2014

    ,

    Потенциал фекальной микробиоты для ранней диагностики колоректального рака

    ,

    Mol.Сист. биол.

    ,

    10

    ,

    766

    .8

    Цинь

    Н.

    ,

    Ян

    Ф.

    ,

    Ли

    А.

    и др. .

    2014

    ,

    Изменения микробиома кишечника человека при циррозе печени

    ,

    Природа

    ,

    513

    ,

    59

    64

    .39

    3

    Фэн

    В.

    ,

    Лян

    С.

    ,

    Цзя

    Х.

    и др. .

    2015

    ,

    Развитие микробиома кишечника вдоль последовательности колоректальной аденомы-карциномы

    ,

    Nat. коммун.

    ,

    6

    ,

    6528

    .10

    Задняя часть

    Ф.

    ,

    Roswall

    J.

    ,

    Peng

    Y.

    и др..

    2015

    ,

    Динамика и стабилизация микробиома кишечника человека на первом году жизни

    ,

    Микроб-хозяин

    ,

    17

    ,

    690

    703

    03 .10004 .10004 03

    Чжан

    Х.

    ,

    Zhang

    D.

    ,

    Jia

    H.

    и др. .

    2015

    ,

    Микробиомы полости рта и кишечника нарушены при ревматоидном артрите и частично нормализуются после лечения

    ,

    Nat.Мед.

    ,

    21

    ,

    895

    905

    .12

    Накаяма

    Дж.

    ,

    Ватанабе

    К.

    ,

    Цзян

    Дж.

    и др. .

    2015

    ,

    Разнообразие бактериального сообщества кишечника детей школьного возраста в Азии

    ,

    Sci. Респ.

    ,

    5

    ,

    8397

    .13

    Де Филиппо

    С.

    ,

    Кавальери

    Д.

    ,

    Ди Паола

    М.

    и др. .

    2010

    ,

    Влияние диеты на формирование микробиоты кишечника, выявленное сравнительным исследованием детей из Европы и сельских районов Африки

    ,

    Proc. Натл акад. науч. США

    ,

    107

    ,

    14691

    96

    .14

    Яцуненко

    Т.

    ,

    Рей

    Ф.E.

    ,

    Manary

    M.J.

    и др. .

    2012

    ,

    Микробиом кишечника человека в зависимости от возраста и географического положения

    ,

    Природа

    ,

    486

    ,

    222

    7

    .15

    Обрегон-Тито

    А.Дж.

    ,

    Тито

    Р.Ю.

    ,

    Меткалф

    Дж.

    и др. .

    2015

    ,

    Стратегии существования в традиционных обществах различают кишечные микробиомы

    ,

    Nat.коммун.

    ,

    6

    ,

    6505

    .16

    Мартинес

    И.

    ,

    Stegen

    J.C.

    ,

    Maldonado-Gomez

    M.X.

    и др. .

    2015

    ,

    Микробиота кишечника сельских жителей папуа-новой гвинеи: состав, модели разнообразия и экологические процессы17

    Гудрич

    Дж.К.

    ,

    Waters

    J.L.

    ,

    Poole

    A.C.

    и др. .

    2014

    ,

    Генетика человека формирует микробиом кишечника

    Клементе

    Дж.С.

    ,

    Урселл

    Л.К.

    ,

    Парфри

    Л.В.

    ,

    Рыцарь

    Р.

    2012

    ,

    Влияние микробиоты кишечника на здоровье человека: комплексный взгляд

    ,

    Клетка

    ,

    148

    ,

    1258

    70

    0,19

    Ли

    Дж.

    ,

    Цзя

    Х.

    ,

    Cai

    X.

    и др. .

    2014

    ,

    Интегрированный каталог эталонных генов микробиома кишечника человека

    ,

    Nat. Биотехнолог.

    ,

    32

    ,

    834

    41

    .20

    Рехман

    А.

    ,

    Rauch

    P.

    ,

    Wang

    J.

    и др. .

    2015

    ,

    Географические закономерности постоянного и активного микробиома кишечника человека в норме и при ВЗК

    ,

    Кишечник

    ,

    65

    ,

    238

    48

    .21

    Арумугам

    М.

    ,

    Raes

    J.

    ,

    Pelletier

    E.

    и др. .

    2011

    ,

    Энтеротипы микробиома кишечника человека

    ,

    Природа

    ,

    473

    ,

    174

    80

    .22

    Ву

    Г.Д.

    ,

    Чен

    Дж.

    ,

    Hoffmann

    C.

    и др. .

    2011

    ,

    Связь долгосрочных режимов питания с кишечными микробными энтеротипами

    ,

    Наука

    ,

    334

    ,

    105

    8

    .23

    .23

    ,

    334

    ,

    105

    Хехеманн

    Дж.Х.

    ,

    Correc

    G.

    ,

    Barbeyron

    T.

    ,

    Helbert

    W.

    ,

    Czjzek

    M.

    ,

    Мишель

    Г.

    2010

    ,

    Перенос активных углеводных ферментов из морских бактерий в кишечную микробиоту японцев

    2015

    ,

    Данные Глобальной обсерватории здравоохранения (GHO): избыточный вес и ожирение

    . 25

    Курокава

    К.

    ,

    Itoh

    T.

    ,

    Kuwahara

    T.

    и др. .

    2007

    ,

    Сравнительная метагеномика выявила обычно обогащенные наборы генов в микробиомах кишечника человека

    ,

    DNA Res.

    ,

    14

    ,

    169

    81

    .26

    Ким

    Ю.В.

    ,

    Suda

    W.

    ,

    Kim

    S.

    и др. .

    2013

    ,

    Устойчивость микробиоты кишечника здоровых взрослых в ответ на пробиотическое вмешательство, выявленная с помощью высокопроизводительного пиросеквенирования

    ,

    DNA Res.

    ,

    20

    ,

    241

    53

    .27

    Морита

    Х.

    ,

    Кувахара

    Т.

    ,

    Осима

    К.

    и др. .

    2007

    ,

    Усовершенствованный метод выделения ДНК для метагеномного анализа микробной флоры кишечника человека

    ,

    Microbes Environ.

    ,

    22

    ,

    214

    22

    .28

    Гомес-Альварес

    В.

    ,

    Бирюзовый

    Т.К.

    ,

    Шмидт

    Т.М.

    2009

    ,

    Систематические артефакты в метагеномах из сложных микробных сообществ

    Ле Шателье

    Э.

    ,

    Nielsen

    T.

    ,

    Qin

    J.

    и др. .

    2013

    ,

    Богатство микробиома кишечника человека коррелирует с метаболическими маркерами

    ,

    Природа

    ,

    500

    ,

    541

    6

    .30

    Клементе

    Дж. К.

    ,

    Pehrsson

    E.C.

    ,

    Blaser

    M.J.

    и др. .

    2015

    ,

    Микробиом неконтактных американских индейцев

    ,

    Sci. Доп.

    ,

    1

    ,

    е1500183

    .31

    Атараши

    К.

    ,

    Tanoue

    T.

    ,

    Ando

    M.

    и др. .

    2015

    ,

    Индукция клеток Th27 путем адгезии микробов к эпителиальным клеткам кишечника32

    Лэнгмид

    Б.

    ,

    Зальцберг

    С.Л.

    2012

    ,

    Быстрое выравнивание с промежутками чтения с помощью Bowtie 2

    ,

    Нат. Методы

    ,

    9

    ,

    357

    9

    .33

    Треанген

    Т.Дж.

    ,

    Соммер

    Д.Д.

    ,

    Углы

    Ф.Э.

    ,

    Корень

    С.

    ,

    Поп

    М.

    2011

    ,

    Блок последовательности следующего поколения с AMOS

    ,

    Curr. протокол Биоинформатика

    ,

    30

    ,

    11.8.1

    11.8.18

    .34

    Ногучи

    Х.

    ,

    Танигучи

    Т.

    ,

    Итох

    Т.

    2008

    ,

    MetaGeneAnnotator: обнаружение видоспецифичных паттернов сайта связывания рибосом для точного предсказания генов в анонимных геномах прокариот и фагов

    ,

    DNA Res.

    ,

    15

    ,

    387

    96

    .35

    Ли

    В.

    ,

    Годзик

    А.

    2006

    ,

    Cd-hit: быстрая программа для кластеризации и сравнения больших наборов белковых или нуклеотидных последовательностей

    ,

    Биоинформатика

    ,

    22

    ,

    1658

    3 9 90.36

    Уэрта-Сепас

    Дж.

    ,

    Szklarczyk

    D.

    ,

    Forslund

    K.

    et al. .

    2016

    ,

    eggNOG 4.5: структура иерархической ортологии с улучшенными функциональными аннотациями для эукариотических, прокариотических и вирусных последовательностей

    ,

    Nucleic Acids Res.

    ,

    44

    ,

    D286

    93

    .37

    Дэвид

    л.А.

    ,

    Морис

    К.Ф.

    ,

    Кармоди

    Р.Н.

    и др. .

    2014

    ,

    Диета быстро и воспроизводимо изменяет микробиом кишечника человека

    Хехеманн

    Дж.Х.

    ,

    Келли

    А.Г.

    ,

    Пудло

    Н.A.

    ,

    Martens

    E.C.

    ,

    Boraston

    A.B.

    2012

    ,

    Бактерии микробиома кишечника человека катаболизируют гликаны красных водорослей с помощью обновлений углеводно-активных ферментов из внешних микробов

    ,

    Proc. Натл акад. науч. США

    ,

    109

    ,

    19786

    91

    .39

    Ли

    Дж.Х.

    ,

    О’Салливан

    Д.Дж.

    2010

    ,

    Геномный анализ бифидобактерий

    ,

    Microbiol. Мол. биол.

    ,

    74

    ,

    378

    416

    .40

    Лю

    С.

    ,

    Ren

    F.

    ,

    Zhao

    L.

    и др. .

    2015

    ,

    Крахмал и гидролизаты крахмала являются благоприятными источниками углерода для бифидобактерий в кишечнике человека

    ,

    BMC Microbiol.

    ,

    15

    ,

    54

    .41

    Теделинд

    С.

    ,

    Вестберг

    Ф.

    ,

    Кьерруф

    М.

    ,

    Видаль

    А.

    2007

    ,

    Противовоспалительные свойства ацетата и пропионата короткоцепочечных жирных кислот: исследование, связанное с воспалительным заболеванием кишечника

    ,

    World J.Гастроэнтерол.

    ,

    28

    ,

    2826

    32

    .42

    Осава

    И.

    ,

    Исикава

    М.

    ,

    Такахаши

    К.

    и др. .

    2007

    ,

    Водород действует как терапевтический антиоксидант, избирательно восстанавливая цитотоксические радикалы кислорода

    ,

    Nat. Мед.

    ,

    13

    ,

    688

    94

    .43

    Рей

    ФЭ

    ,

    Вера

    Дж.Дж.

    ,

    Bain

    J.

    и др. .

    2010

    ,

    Анализ метаболического потенциала in vivo двух кишечных ацетогенов человека

    ,

    J. Biol. хим.

    ,

    285

    ,

    22082

    90

    .44

    Накамура

    Н.

    ,

    Лин

    Х.К.

    ,

    McSweeney

    C.S.

    ,

    Mackie

    R.I.

    ,

    Gaskins

    H.R.

    2010

    ,

    Механизмы удаления водорода микробами в толстой кишке человека и последствия для здоровья и болезней

    ,

    Annu. Преподобный Food Sci. Технол.

    ,

    1

    ,

    363

    95

    .45

    Ким

    Г.

    ,

    Deepinder

    F.

    ,

    Morales

    W.

    и др. .

    2012

    ,

    Methanobrevibacter smithii является преобладающим метаногеном у пациентов с СРК с преобладанием запоров и выделением метана при дыхании

    ,

    Dig. Дис. науч.

    ,

    57

    ,

    3213

    8

    .46

    Морий

    Х.

    ,

    Ода

    К.

    ,

    Суэнага

    Ю.

    ,

    Накамура

    Т.

    2003

    ,

    Низкая концентрация метана в дыхании японцев

    ,

    J. UOEH

    ,

    25

    ,

    397

    407

    .37

    Левитт

    MD

    ,

    Фурне

    Дж.К.

    ,

    Кусковски

    М.

    ,

    Рудди

    Дж.

    2006

    ,

    Стабильность метаногенной флоры человека в течение 35 лет и обзор результатов измерений метана в выдыхаемом воздухе

    ,

    Clin. Гастроэнтерол. Гепатол.

    ,

    4

    ,

    123

    9

    .

    Примечания автора

    © Автор, 2016 г. Опубликовано Oxford University Press от имени Исследовательского института ДНК Казуса.

    Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями некоммерческой лицензии Creative Commons Attribution (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/), что разрешает некоммерческое повторное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии правильного цитирования оригинальной работы. Для коммерческого повторного использования, пожалуйста, свяжитесь с [email protected]

    Канада: на территории школы-интерната для коренных народов найдены останки 215 детей | Канада

    Безымянные могилы с останками 215 детей коренных народов были обнаружены на территории бывшей школы-интерната на юге Британской Колумбии.

    О мрачном открытии в бывшей школе недалеко от города Камлупс было объявлено поздно вечером в четверг людьми Tk’emlups te Secwépemc после того, как команда исследовала это место с помощью георадара.

    «В нашем сообществе было известно, что мы смогли проверить. Насколько нам известно, эти пропавшие дети являются незарегистрированной смертью», — заявила Розанна Казимир, глава Tk’emlúps te Secwépemc.

    Часть останков принадлежит детям от трех лет, но причины и время их смерти пока неизвестны.«На данный момент у нас больше вопросов, чем ответов», — сказал Казимир.

    Школа-интернат для индейцев Камлупс была основана в 1890 г. под руководством Римско-католической церкви и закрыта в 1978 г.

    Она была частью сети школ-интернатов в Канаде, созданной для насильственной ассимиляции детей коренных народов путем изъятия их из домов и общин, а также запретить им говорить на родном языке или выполнять культурные обычаи. В этих учреждениях свирепствовали физическое, эмоциональное и сексуальное насилие, а также принудительный труд.

    По меньшей мере 150 000 детей посещали такие школы, что в 2015 году Комиссия по установлению истины и примирению назвала «культурным геноцидом» коренных жителей Канады.

    В документах, представленных в комиссию, бывшие ученики Камлупса описали суровые условия в школе, которая не получала достаточного подушевого финансирования от правительства для покрытия своих расходов.

    Джордж Мануэль, который учился в 1920-х годах, сказал: «От каждого индийского студента пахло голодом.«Школа была описана как холодная зимой и антисанитарная.

    В тех же документах упоминается, что школьники подвергались вспышкам кори, туберкулеза, гриппа и других заразных заболеваний, многие из них умерли.

    В отчете 1935 года о смерти от кори в школе агент отметил, что «спальные помещения для 285 учеников в школе состоят из пяти общежитий, которые переполнены. Во время эпидемии невозможно должным образом изолировать больных и контактных лиц.

    Деревянные колья отмечают места, где, как предполагается, тела были захоронены на месте бывшей школы Камлупса. Фотография: Canadian Press/Rex/Shutterstock

    Насилие в отношении учеников школы-интерната в Камлупсе продолжалось до ее закрытия. TRC рассказал, что в 1960-х годах директор школы в Камлупсе выступал за то, чтобы мальчиков старшего возраста, которые участвовали в драках, выставляли на боксерский ринг. «Выведите их на ринг в перчатках и наблюдайте за боксерским поединком, пока оба мальчика не устанут настолько, что им уже будет наплевать.”

    Коренные общины долгое время считали, что учащиеся школ-интернатов были похоронены в безымянных могилах, и процесс доказательства этого растянулся на десятилетия. «Это важно, потому что история тайных массовых захоронений в школах-интернатах — городская легенда», — говорится в колонке новостного агентства Британской Колумбии TheTyee.

    Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован.